结论：公司降低保底工资，员工选择离职是否合法，需分情况讨论。若公司降低保底工资的行为违反了劳动合同或相关法律法规，员工因此离职并主张经济补偿是合法的；若公司降低保底工资有合理依据且程序合法，员工主动离职则可能无法获得经济补偿。
分析：
公司降低保底工资的合法性：
- 劳动合同约定：首先，需要查看劳动合同中是否明确约定了保底工资的数额及调整机制。如果合同中有明确约定，且公司降低保底工资的行为违反了合同约定，那么公司的行为就是违法的。
- 法律法规规定：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果公司无正当理由降低保底工资，可能构成未及时足额支付劳动报酬，违反了法律法规。
- 合理性与程序合法性：即使公司有降低保底工资的需求，也应当与劳动者协商一致，并签订书面的变更协议。如果公司未经协商单方面降低保底工资，或者降低的理由不充分、程序不合法，那么公司的行为也是违法的。
员工离职的合法性及经济补偿：
- 因公司违法而离职：如果公司降低保底工资的行为违反了劳动合同或相关法律法规，员工有权以此为由提出离职，并主张经济补偿。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位未按照劳动合同约定支付劳动报酬或者提供劳动条件的，劳动者可以解除劳动合同，并有权要求用人单位支付经济补偿。
- 因个人原因离职：如果公司降低保底工资有合理依据且程序合法，员工因个人原因（如不满意新的工资水平）选择离职，则可能无法获得经济补偿。因为这种情况下，员工的离职并非由于公司的违法行为导致。
建议：
- 对于员工：如果公司降低了保底工资，且你认为这一行为违反了劳动合同或相关法律法规，建议先与公司进行协商，要求恢复原工资水平或给予合理的经济补偿。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于公司：在调整员工工资时，应当遵循合法、合理、公平的原则，并与员工进行充分的沟通和协商。如果确实需要降低保底工资，应当确保有合理的依据和合法的程序，以避免引发劳动纠纷和法律风险。
可能后果：
- 如果员工因公司违法降低保底工资而离职并主张经济补偿，且经劳动仲裁或法院审理确认公司的行为违法，那么公司可能需要支付经济补偿金给员工。
- 如果员工因个人原因离职而主张经济补偿，且无法证明公司的行为违法，那么员工可能无法获得经济补偿。
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