关于职工超期休假工资扣除的法律依据，主要需依据休假性质、公司规章制度及劳动合同约定综合判断，以下分情况说明：

1. 事假超期
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》及《工资支付暂行规定》，事假为无薪假，用人单位有权不支付事假期间工资。若职工事假超期未获批准，用人单位可按旷工处理，扣除旷工期间工资（通常按日工资标准计算）。
   法律依据：

   • 《工资支付暂行规定》第十二条：非因劳动者原因停工、停产期间，用人单位应按劳动合同支付工资；但劳动者因个人原因未提供劳动的，用人单位可不支付工资。
     
   • 实务中，事假超期未返岗可能被认定为旷工，用人单位可依据规章制度扣除工资，但需确保制度合法（如经民主程序制定、公示等）。

2. 病假超期
   病假工资支付需区分医疗期内外：

   • 医疗期内：用人单位需支付病假工资，标准不得低于当地最低工资的80%（具体比例因地而异，如上海为100%，北京为最低工资的70%）。
     
   • 医疗期满后：若职工仍无法返岗且未提供劳动能力证明，用人单位可按事假处理（不支付工资），或依据《劳动合同法》第四十条解除劳动合同并支付经济补偿。
     法律依据：
     
   • 《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第二条：医疗期根据工龄确定（3-24个月），期间用人单位不得解除合同。
     
   • 《关于贯彻执行〈劳动法〉若干问题的意见》第五十九条：病假工资或疾病救济费可低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资的80%。

3. 年休假超期未休
   若职工未主动申请年休假且用人单位未安排，视为自动放弃，不得扣除工资；但若用人单位已安排休假而职工因个人原因未休，用人单位可按日工资标准支付未休年休假工资报酬（含300%工资，其中200%为补偿）。
   法律依据：

   • 《企业职工带薪年休假实施办法》第十条：用人单位安排职工休年休假，职工因本人原因书面提出不休的，用人单位可只支付正常工资。
     
   • 第十条第二款：未休年休假工资报酬=日工资收入×未休天数×200%（日工资=月工资÷21.75）。

4. 其他假期（如婚假、产假）超期
   婚假、产假为法定带薪假，超期部分若未获批准，用人单位可按事假或旷工处理，但需注意：

   • 产假超期可能涉及生育津贴发放问题（如地方规定延长产假期间由社保支付津贴，用人单位不得扣除工资）。
     
   • 婚假超期通常无特殊规定，按事假处理即可。
     

实务建议：

1. 完善规章制度：明确各类假期的申请流程、超期处理规则（如事假超过X天按旷工处理），并经民主程序制定、公示。
   
2. 留存证据：对超期休假职工，保留书面通知返岗记录、旷工认定依据（如考勤记录、未返岗说明等）。
   
3. 协商优先：超期休假可能涉及职工实际困难（如疾病未愈），建议先协商调整休假安排或补假，避免直接扣工资引发纠纷。
   

风险提示：
若用人单位随意扣除工资（如未区分休假性质、未履行告知义务），可能被认定为未及时足额支付劳动报酬，职工有权依据《劳动合同法》第三十八条解除合同并主张经济补偿。

如有具体案例或地方政策疑问，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。