结论：店铺是否属于夫妻共同财产，需根据出资情况、贷款性质及用途、店铺登记情况等多方面因素综合判断，一般情况下，若店铺登记在夫妻双方名下，且贷款用于店铺升级，则店铺可能属于夫妻共同财产，但具体还需结合实际情况分析。以下从不同角度进行详细分析：
一、出资情况对店铺性质的影响
老公父亲出资开店：
- 若老公父亲出资开店时，明确表示该店铺仅赠与老公个人，或店铺登记在老公个人名下，且没有其他证据表明该出资属于对夫妻双方的赠与，则该店铺在初始阶段可能属于老公的个人财产。
- 若老公父亲出资开店时，未明确表示赠与对象，或店铺登记在夫妻双方名下，则该出资可能被视为对夫妻双方的赠与，店铺在初始阶段即属于夫妻共同财产。
夫妻贷款升级店铺：
- 贷款用于店铺升级，表明夫妻双方对店铺有共同的投资和经营意愿。
- 若贷款是夫妻双方共同申请，且用于店铺的升级改造，则该贷款属于夫妻共同债务，进一步强化了店铺作为夫妻共同财产的性质。
二、店铺登记情况对店铺性质的影响
店铺登记在夫妻双方名下：
- 无论初始出资情况如何，若店铺登记在夫妻双方名下，则通常视为夫妻共同财产。
- 这是因为店铺的登记具有公示公信力，能够对外表明店铺的所有权归属。
店铺登记在老公个人名下：
- 若店铺初始登记在老公个人名下，但后续有证据表明夫妻双方对店铺有共同的投资和经营行为（如共同贷款升级店铺），则店铺可能仍被视为夫妻共同财产。
- 然而，在这种情况下，需要更多的证据来支持店铺属于夫妻共同财产的主张。
三、与老公妹妹的关系
- 老公妹妹并非店铺的出资人或登记人，因此一般情况下与店铺的所有权归属无关。
- 除非老公妹妹能够提供证据表明她对店铺有出资或共有权（如通过赠与、继承等方式获得店铺的部分所有权），否则她无权主张店铺的所有权。
四、法律建议
收集证据：
- 收集店铺的出资证明、贷款合同、店铺登记证明等文件，以证明店铺的所有权归属。
- 收集夫妻双方对店铺共同投资和经营的证据，如共同参与店铺管理的记录、共同承担店铺债务的证明等。
协商解决：
- 在家庭内部，可以尝试通过协商的方式解决店铺所有权归属的问题。
- 协商时，可以充分考虑各方的出资情况、贡献大小、未来经营意愿等因素，达成公平合理的协议。
法律途径：
- 若协商无果，可以通过法律途径解决店铺所有权归属的问题。
- 可以向法院提起诉讼，要求确认店铺的所有权归属，并依据相关法律法规和证据进行判决。
后续思考依据：在判断店铺是否属于夫妻共同财产时，需要综合考虑出资情况、贷款性质及用途、店铺登记情况等多方面因素。不同情况下，店铺的所有权归属可能有所不同。因此，在处理此类问题时，需要充分收集证据，了解相关法律法规，并咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。