包薪制下是否还有加班工资，需根据具体情况及法律规定来综合判断，但总体来说，包薪制并不免除用人单位支付加班费的义务。以下是对此问题的详细分析：
一、包薪制的定义及合法性前提
包薪制，简而言之，就是用人单位与劳动者在劳动合同中约定，将劳动者的正常工作时间工资、加班工资等全部工资报酬以一个固定的工资数额予以包干支付的工资计算方式。这种制度在劳动密集型企业、工厂、餐饮服务行业等加班安排较多且时间相对固定的行业中较为常见。然而，包薪制并非用人单位可以随意设定的，它必须符合法律规定的条件和程序，具体包括：
- 明确约定：用人单位与劳动者在劳动合同中必须明确约定包薪制工资包含正常工作时间工资以及加班工资，且该约定需清晰、明确，不得含糊其辞。
- 合理折算：包薪制工资在折算后，正常工作时间的小时工资不得低于当地规定的小时最低工资标准。这是保障劳动者基本生活需求的重要法律底线。
二、包薪制下加班工资的支付情况
合法有效的包薪制：
- 如果包薪制合同中明确区分了正常工作时间工资和加班工资，并且按照法定标准以正常工作时间工资为基数，对超出正常工作时间的工作依法折算加班工资后，连同正常工作时间工资一并以“包薪”形式支付给劳动者。
- 同时，该“包薪”数额不低于以当地最低工资标准为基数核算出来的应支付工资总额（包含正常工作时间工资和依法核算的加班工资）。
- 在这种情况下，视为用人单位已经支付了相应的加班费，无需额外支付。
包薪制约定不明确或不合理：
- 如果合同中只是简单约定“包薪制”，没有对正常工作时间工资和加班工资进行明确区分，或无法从合同内容或用人单位规章制度中合理推导出加班工资的计算方式和支付情况，则不能直接认定用人单位已经支付了加班费。
- 当“包薪”数额低于以当地最低工资标准为基数核算出来的应支付工资总额时，这种“包薪制”约定是不合理的，也是不合法的。用人单位需按照法律规定，以法定的工资计算基数为标准，向劳动者补足加班费差额。
三、加班工资的计算与支付要点
确定加班工资基数：
- 双方有约定的，按约定的正常工作时间的月工资确定。
- 无约定或约定不明的，可参考实际收入扣除非常规性奖金、福利性、风险性等项目后的正常工作时间的月工资。
- 无论如何确定，加班工资基数均不得低于当地月最低工资标准。
根据实际加班小时数确定加班工资：
- 用人单位应根据员工一个月实际发生的加班小时数来确定其加班工资，不能仅以固定加班费数额的形式约定在劳动合同中。
- 加班工资的计算应遵循《劳动法》第四十四条的规定，即延长工作时间支付不低于工资的150%，休息日工作且不能补休支付不低于工资的200%，法定休假日工作支付不低于工资的300%。
四、实际操作建议
对用人单位：
- 在实行包薪制时，应确保约定的工资总额不低于按最低工资标准计算出的工资与加班费之和，以避免法律风险。
- 明确加班费的计算方式和标准，并在劳动合同中详细列明，以增强合同的透明度和可执行性。
对劳动者：
- 在签订包薪制合同时，应仔细审查合同条款，特别是加班费的计算方式和标准，以保障自己的合法权益。
- 如发现用人单位存在不足额支付加班费的情况，应及时与用人单位沟通协商或申请劳动仲裁、提起诉讼以维护自身权益。
总结来说，包薪制并非用人单位规避加班费支付义务的“避风港”。双方应明确加班费的计算方式和标准，并严格遵守相关法律法规的规定，以确保劳动关系的和谐稳定。如果你对包薪制或加班费支付有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。