针对违法建筑的拆除，具体是由乡镇政府直接拆除还是申请人民法院强制执行，这主要取决于违法建筑的性质、相关法律法规的规定以及具体的执法程序。以下分情况详细说明：
对于一般违法建筑：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，对于未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
- 在实际操作中，如果违法建筑属于乡镇政府管辖范围内，且相关法律法规或地方性规章明确授权乡镇政府可以拆除违法建筑，那么乡镇政府在依法履行相关程序（如发出限期拆除通知、进行公告等）后，可以直接组织拆除。
对于需要申请人民法院强制执行的违法建筑：
- 如果违法建筑的建设者或所有者在接到限期拆除通知后，未在规定期限内自行拆除，且相关法律法规或地方性规章规定需要申请人民法院强制执行的，那么乡镇政府或相关执法部门应当依法向人民法院提出强制执行申请。
- 人民法院在收到申请后，会依法进行审查，如果认为申请符合法律规定的条件，会作出强制执行裁定，并由人民法院执行机构负责执行。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如违法建筑涉及重大公共利益、存在安全隐患等，可能需要紧急拆除。此时，相关执法部门可能会依据特别法或紧急状态下的法律规定，直接组织拆除，而无需事先申请人民法院强制执行。但这种情况较为少见，且必须严格依法进行。
法律建议：
- 对于违法建筑的处理，建议首先查阅相关法律法规和地方性规章，明确违法建筑的性质、拆除程序以及执法主体的权限。
- 如果违法建筑属于乡镇政府管辖范围内，且相关法律法规或地方性规章明确授权乡镇政府可以拆除，那么乡镇政府应当依法履行相关程序后进行拆除。
- 如果违法建筑的建设者或所有者在接到限期拆除通知后未自行拆除，且需要申请人民法院强制执行的，相关执法部门应当及时向人民法院提出申请，并配合人民法院的执行工作。
可能存在的法律后果：
- 如果乡镇政府或相关执法部门未依法履行拆除程序或未依法申请人民法院强制执行，可能会面临行政复议或行政诉讼的风险，甚至可能承担相应的法律责任。
- 如果违法建筑的建设者或所有者在接到限期拆除通知后未自行拆除，且拒绝配合执法部门的拆除工作，可能会面临更严厉的行政处罚或法律责任。
总结来说，违法建筑的拆除程序取决于违法建筑的性质、相关法律法规的规定以及具体的执法程序。在实际操作中，建议相关执法部门和建设者或所有者都依法行事，以避免不必要的法律纠纷和风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。