当两个市的规章发生冲突时，通常按照上位法优于下位法、特别法优于一般法以及新法优于旧法的原则处理，具体解决方式及退款流程需结合冲突类型和实际情况确定。以下从不同角度展开分析：

一、规章冲突的解决原则与途径

1. 法律适用原则

   • 上位法优于下位法：若冲突规章中有一方属于地方性法规（如省人大制定的法规），则地方性法规效力高于市政府规章，应优先适用地方性法规。
     
   • 特别法优于一般法：若两规章调整同一事项但适用范围不同（如一个针对特定行业，一个针对全市范围），则优先适用特别规定。
     
   • 新法优于旧法：若两规章制定时间不同，以最新制定的规章为准。
     

2. 解决途径

   • 行政系统内部协调：由共同上一级政府（如省政府）法制机构组织协调，提出处理意见后报请本级政府决定。
     
   • 司法裁决：在行政诉讼中，法院若发现规章冲突，需层报最高人民法院送请国务院作出解释或裁决（《立法法》第95条）。
     
   • 立法机关介入：若冲突涉及重大利益调整，可由省级人大或其常委会通过制定地方性法规统一规范。

二、涉及“退款”的具体处理方式

若规章冲突导致行政行为（如行政处罚、许可）违法，进而引发退款需求，需分情况处理：

1. 行政行为被撤销或确认违法

   • 依据：《国家赔偿法》第4条，行政机关违法行使职权造成财产损害的，受害人有权取得赔偿。
     
   • 流程：
     
     • 向作出行政行为的机关申请行政复议或直接提起行政诉讼；
       
     • 法院判决撤销行政行为或确认违法后，行政机关应主动退还罚款、收费等款项；
       
     • 若行政机关不履行，可申请法院强制执行。
       

2. 规章冲突导致行政行为效力存疑

   • 示例：A市规定“某类经营需缴纳保证金”，B市规定“无需缴纳”，企业按A市规定缴费后发现冲突。
     
   • 处理：
     
     • 优先适用效力更高的规章（如地方性法规）；
       
     • 若两规章效力相同，可向共同上一级政府法制机构申请裁决；
       
     • 裁决后，行政机关应退还多收款项，并可能承担利息损失（需根据具体案情主张）。
       

三、实务建议

1. 保留证据：保存缴费凭证、行政行为通知书、规章文本等材料，作为维权依据。
   
2. 分层维权：
   
   • 先通过行政复议或行政协调解决；
     
   • 若未果，再提起行政诉讼，并可一并请求审查规章合法性。
     
3. 关注时效：行政复议需在知道行政行为之日起60日内提出，行政诉讼需在6个月内提起（《行政复议法》第9条、《行政诉讼法》第46条）。
   

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