差额拨款事业单位能发放加班费。具体分析和依据如下：

一、法律基础与单位性质

• 《中华人民共和国劳动法》明确规定，劳动者加班应获得相应的报酬或补休，这是所有用人单位必须遵循的基本法律原则，包括差额拨款事业单位。
• 差额拨款事业单位在遵守国家工资政策和劳动法规的基础上，根据单位经费状况和工作需要，享有一定的自主权，可自行制定加班补助政策。

二、加班费发放的具体规定

1. 加班费标准：

   • 工作日加班费：应支付不低于工资的150%的工资报酬。
   • 休息日加班费：休息日安排工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬。
   • 法定节假日加班费：应支付不低于工资的300%的工资报酬。

2. 计算基数与公式：

   • 计算基数：通常以劳动者的工资为标准，不得低于劳动者本人正常劳动应得的工资。
   • 计算公式（以法定节假日为例）：加班工资的计发基数 ÷ 21.75 × 300%。

3. 差额拨款事业单位的特殊性：

   • 这类单位在加班费发放上相对灵活，但需确保加班事实明确且经过审批流程。
   • 若单位有相应经费安排且建立了明确的加班管理制度，满足工作需要并经过审批后，可按劳动法规定发放加班费。

三、注意事项与权益保障

• 差额拨款事业单位应严格遵守国家关于工作时间和休息休假的规定，保护劳动者的合法权益。
• 法定节假日加班时，用人单位不能以补休代替加班工资。
• 劳动者如认为加班费被低估或未支付，有权向用人单位提出申诉或向当地劳动监察部门投诉举报。

综上所述，差额拨款事业单位在符合相关法律法规、单位规章制度及财务管理规定的前提下，是可以发放加班费的。具体操作时，建议单位确保加班事实明确、经过审批流程，并严格按照劳动法规定的标准发放加班费，以维护员工的合法权益和单位的良好形象。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。