结论前置：建筑工证（通常指建筑行业相关资格证书，如建筑师证、建造师证等）被公司扣押是否违法，需根据具体情况判断，但一般情况下，公司无权扣押员工的个人资格证书，此行为可能涉嫌违法。以下从不同角度详细分析：
一、从劳动合同法角度分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系时，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。员工的个人资格证书，如建筑师证、建造师证等，属于员工的个人财产和职业能力的证明，员工对其享有完全的所有权和使用权。
公司无权扣押：除非双方在劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，否则公司无权扣押员工的个人资格证书。如果公司未经员工同意，擅自扣押其资格证书，可能构成对员工财产权的侵犯，员工有权要求公司返还，并可能因此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
二、从行业管理规定角度分析
建筑行业作为特种行业，对从业人员的资格有严格要求。根据相关行业管理规定，建筑行业从业人员必须持有相应的资格证书才能从事相关工作。这些资格证书的颁发、管理和使用都有严格的程序和规定。
公司不得滥用管理权：虽然公司作为用人单位，对员工的职业资格有一定的管理需求，但这种管理需求应当通过合法、合规的方式实现，如要求员工提供资格证书的复印件或电子版进行备案，而不是直接扣押原件。公司滥用管理权，扣押员工资格证书，可能妨碍员工正常行使职业权利，甚至影响员工的职业发展。
三、从实际操作和后果角度分析
实际操作中的问题：如果公司扣押了员工的建筑工证，员工在需要使用该证书进行工作交接、项目投标、资质审核等场合时，可能会遇到困难。这不仅会影响员工的正常工作，还可能给员工带来经济损失和职业风险。
可能的法律后果：如果公司扣押员工资格证书的行为被认定为违法，公司可能需要承担返还证书、赔偿损失等民事责任。同时，如果该行为情节严重，还可能受到劳动监察部门的行政处罚，甚至影响公司的信誉和业务发展。
四、建议与措施
与公司协商：如果员工发现公司扣押了自己的建筑工证，首先可以尝试与公司进行协商，要求公司返还证书。在协商过程中，员工可以明确表达自己的诉求和理由，并引用相关法律法规和行业管理规定来支持自己的观点。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门将会对公司的行为进行调查，并根据调查结果采取相应的措施。
提起劳动仲裁或诉讼：如果公司的违法行为给员工造成了经济损失或职业风险，员工还可以考虑提起劳动仲裁或诉讼来维护自己的合法权益。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明公司的违法行为和自己的损失情况。
总结与提醒：建筑工证作为员工的个人资格证书，员工对其享有完全的所有权和使用权。公司无权扣押员工的个人资格证书，此行为可能涉嫌违法。如果员工遇到此类情况，应当及时与公司协商、向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁/诉讼来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。