结论：将对方公司对公账户转来的款项中多出的部分，再通过对私账户转回去，这种做法在法律和财务上都是存在风险的，不建议这样做。下面我将从多个角度详细分析这个问题。
一、法律合规性角度
资金流转的合规性：
- 公司之间的资金往来应当通过公司对公账户进行，这是为了确保资金流转的透明度和合规性，便于税务、审计等部门的监管。
- 如果将公司对公账户的资金通过对私账户进行流转，可能会涉嫌逃避税务监管、资金挪用等违法行为，给公司和个人带来法律风险。
税务处理：
- 对公账户之间的资金往来，通常会有明确的税务处理规定，如开具发票、缴纳税款等。
- 如果通过对私账户转回多出的部分，可能会破坏这种税务处理的链条，导致税务问题，如偷税漏税等。
二、财务管理角度
资金安全：
- 对公账户的资金流转通常受到更严格的内部控制和审计，能够确保资金的安全。
- 对私账户的资金流转则可能缺乏这种严格的控制，存在资金被挪用、丢失等风险。
财务记录清晰性：
- 对公账户的资金往来会有详细的财务记录，便于公司进行财务管理和决策。
- 如果通过对私账户进行资金流转，可能会导致财务记录混乱，难以准确反映公司的财务状况。
三、实际操作建议
与对方公司沟通：
- 如果发现对方公司转来的款项多出了部分，首先应当与对方公司进行沟通，确认款项的具体情况和原因。
- 如果确实是对方公司误转或多转，应当要求对方公司通过正规的对公账户进行退款或调整。
遵循正规流程：
- 在处理公司之间的资金往来时，应当遵循正规的财务和税务流程，确保资金流转的合规性和透明度。
- 如果需要退款或调整款项，应当通过公司对公账户进行，并保留好相关的财务和税务记录。
咨询专业意见：
- 如果在处理过程中遇到复杂的法律或财务问题，建议咨询专业的律师或财务顾问的意见，以确保处理的合法性和合规性。
总结与进一步思考：将对方公司对公账户转来的款项中多出的部分通过对私账户转回去，这种做法在法律和财务上都是存在风险的。为了确保资金流转的合规性和透明度，建议遵循正规的财务和税务流程进行处理。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。