两次签订劳动合同分别与总公司和分公司签订，主要影响可能体现在劳动合同的履行、劳动关系的认定、社保缴纳以及劳动争议解决等方面。以下是对这些影响的详细分析：
劳动合同的履行：
- 总公司与分公司虽然存在关联关系，但它们是独立的法律实体。因此，与总公司签订的劳动合同和与分公司签订的劳动合同，在履行上可能是相互独立的。这意味着，员工可能需要根据两份合同分别履行不同的工作职责，或者在不同的地点工作。
- 如果两份合同的工作内容、工作地点等存在重叠或冲突，员工和用人单位需要协商解决，以确保合同的顺利履行。
劳动关系的认定：
- 在一般情况下，与哪个公司签订劳动合同，就被视为与哪个公司建立了劳动关系。因此，如果员工先与总公司签订合同，后与分公司签订合同，其劳动关系可能会发生转移。
- 但需要注意的是，如果总公司和分公司之间存在内部调派、借用等关系，且员工的工作内容、工作地点等未发生实质性变化，那么劳动关系的认定可能会更加复杂。在这种情况下，可能需要综合考虑多种因素来确定员工与哪个公司建立了实际的劳动关系。
社保缴纳：
- 社保缴纳通常与劳动关系紧密相关。如果员工的劳动关系发生了转移（例如从总公司转移到分公司），那么其社保缴纳的主体也可能会相应发生变化。
- 员工和用人单位需要确保社保缴纳的连续性和合规性，避免出现漏缴、断缴等情况。这可能需要员工和用人单位在劳动合同变更时，及时办理社保关系的转移手续。
劳动争议解决：
- 如果员工与总公司和分公司之间因劳动合同产生争议，解决争议时可能需要考虑两份合同的内容以及它们之间的关联关系。
- 在劳动争议仲裁或诉讼中，员工需要明确其主张的权益是基于哪份合同，以及该合同与另一份合同之间的关系。这可能需要员工提供充分的证据来证明其主张。
建议：
- 对于员工而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，明确合同主体、工作内容、工作地点、薪资待遇等关键信息。如果涉及总公司和分公司之间的合同变更或续签，应确保了解并同意相关变更或续签的内容。
- 对于用人单位而言，应确保劳动合同的签订和履行符合法律法规的规定，避免出现违法违规的情况。同时，在涉及总公司和分公司之间的合同变更或续签时，应与员工充分沟通，确保员工了解并同意相关变更或续签的内容。
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