“两班倒12小时”的工作制度是否违法，需根据具体工时制度、工作安排以及是否依法支付加班费等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、标准工时制下的合法性
法定工作时间限制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
- 若用人单位未经批准实行“12小时两班倒”，且导致劳动者工作时间超过法定标准（每日8小时，每周44小时），则构成违法。
休息休假权利：
- 《劳动法》规定用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。若“12小时两班倒”导致劳动者无法享受这一权利，也构成违法。
二、特殊工时制下的合法性
综合计算工时工作制：
- 经批准实行此制度的，其综合计算工作时间周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间（如以月为周期，约为176小时）。
- 若“12小时两班倒”导致周期内工作时间总和超标，超出部分应视为延长工作时间，用人单位需依法支付加班费；未超标则不违法。
不定时工作制：
- 此制度下无固定上下班时间限制，因此单纯的“12小时两班倒”不能直接认定违法。
- 但用人单位仍需确保职工的休息休假权利得到保障，且该制度需经劳动行政部门批准。
三、加班费支付规定
- 无论何种工时制度，若用人单位安排劳动者延长工作时间，均需依法支付加班费：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
四、特殊情况下的延长工作时间
- 在特定情况下，如因生产经营需要并经过工会和劳动者同意，企业可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时。
- 若有特殊原因需延长工作时间，在保障劳动者身体健康的条件下，每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。
五、法律后果与建议
法律后果：
- 若用人单位违反《劳动法》的规定，实行“12小时两班倒”且未依法支付加班费或保障劳动者休息休假权利，可能面临行政处罚（如警告、罚款）和民事赔偿（如支付加班费、经济补偿金）等法律后果。
建议：
- 对于用人单位而言，应严格遵守《劳动法》及相关规定，确保工作制度的合法性和劳动者的权益保障。若需实行特殊工时制度，应提前向劳动行政部门申请并获得批准。
- 对于劳动者而言，应密切关注自己的工作时间和权益保障情况。若发现用人单位存在违法行为，应及时向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。
总结：“两班倒12小时”的工作制度是否违法，需结合具体的工时制度、工作安排以及是否依法支付加班费等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。