单位轮休扣工资是否合法，需视具体情况而定。以下是对该问题的全面分析：
合法情况
劳动合同或规章制度中有明确约定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同、员工手册等文件中已明确约定了轮休及相应工资支付的规定，并且这些约定不违反国家法律法规的强制性规定，那么按照约定执行是合法的。例如，合同中可能规定轮休期间工资按一定比例支付，或者轮休不扣工资等。只要这种约定是双方自愿达成的，且不损害劳动者的合法权益，就是有效的。
轮休属于非带薪休假且符合规定：
- 如果轮休并非劳动者应享受的带薪休假（如年假、病假等），而是用人单位因生产经营需要安排的临时休息，且双方已就轮休期间的工资支付达成一致，那么扣减工资可能是合法的。但这种情况较为特殊，需要具体分析轮休的性质和双方的约定。
劳动者同意并确认：
- 在某些情况下，劳动者可能因个人原因（如希望获得更多休息时间）而同意轮休并接受相应的工资扣减。只要这种同意是自愿的、明确的，并且不违反法律法规的强制性规定，那么扣减工资也是合法的。
不合法情况
无合法依据擅自扣减：
- 如果用人单位没有与劳动者事先约定轮休扣工资的相关事宜，也没有合法有效的规章制度作为依据，就擅自扣减劳动者工资，这种行为是不合法的。它违反了劳动合同的平等自愿原则以及用人单位的正当管理权限。
扣除金额不合理：
- 即使双方有约定或规章制度有规定，但如果用人单位扣除的工资数额过高，明显不合理，甚至导致劳动者工资低于当地最低工资标准，那么这种扣减行为也是不合法的。它侵犯了劳动者的合法权益，特别是工资权益。
轮休属于带薪休假范畴：
- 如果轮休实际上属于劳动者应享受的带薪休假（如年假、病假等），而用人单位却扣减了工资，那么这种行为是不合法的。因为带薪休假是劳动者的合法权益，用人单位应当保证劳动者在休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
法律建议
审查劳动合同和规章制度：
- 劳动者应仔细审查自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解其中关于轮休和工资支付的规定。如果发现有不合法或不合理的内容，应及时与用人单位沟通协商。
保留证据并维权：
- 如果用人单位擅自扣减了工资，劳动者应保留好相关证据（如工资条、考勤记录、劳动合同等），并向劳动监察部门投诉或寻求法律援助以维护自己的合法权益。
与用人单位协商：
- 在采取法律行动之前，劳动者可以尝试与用人单位进行协商，说明法律规定和自己的权益，要求用人单位补发被扣的工资。有时候，通过协商可以更快地解决问题。
总结：单位轮休扣工资是否合法取决于具体情况下的约定、规章制度以及扣减行为的合理性。劳动者在面对不合理的扣减行为时，应依法维权，确保自己的合法权益得到保障。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。