物流公司计件工资制下，员工加班仍需支付加班费，但具体计算方式需结合实际情况判断。以下从不同角度详细分析：

1. 法律强制性规定
   根据《劳动法》第四十四条，无论实行计时还是计件工资制，只要劳动者在法定工作时间外加班，用人单位均需支付加班费。具体标准为：
   

• 工作日延长工时的，支付不低于工资150%的加班费；
  
• 休息日加班且未安排补休的，支付不低于工资200%的加班费；
  
• 法定节假日加班的，支付不低于工资300%的加班费。
  计件工资制下，加班费的计算基数通常为劳动者在正常工作时间内完成的计件单价对应的平均小时工资。例如，若员工正常8小时完成100件（单价10元/件），则小时工资为12.5元（1000元÷8小时），加班时需按此基数乘以相应倍数支付。

1. 计件工资的特殊性
   若物流公司通过“提高劳动定额”变相规避加班费（如将正常8小时工作量定为150件，迫使员工加班完成），则可能违反《劳动法》第三十七条“对劳动者应当实行每日工作不超过8小时、平均每周不超过44小时的工时制度”的规定。此时，员工有权主张：
   

• 超出合理定额的部分按加班处理；
  
• 要求公司重新核定劳动定额，确保8小时内能完成基本工作量。

1. 实务操作建议
   

• 员工：保留加班证据（如考勤记录、工作排班表、完成计件量的记录等），若公司未支付加班费，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  
• 公司：需制定合理的劳动定额标准，并通过民主程序（如职工代表大会）确认；加班需与员工协商一致，并依法支付加班费，避免因违法成本（如支付拖欠工资50%-100%的赔偿金）导致更大损失。

总结：计件工资制不免除公司支付加班费的义务，关键在于判断员工加班是否因完成合理定额所需。若您涉及具体纠纷，可进一步提供劳动定额、加班时长等细节，我将为您分析计算加班费的合法金额。