公司经理吃回扣是违法的，且可能构成犯罪。以下从不同角度对此行为进行详细分析：
一、违法性认定
民事层面：
- 公司经理作为公司员工，接受回扣违反了对公司的忠实义务。公司有权通过民事诉讼，要求经理返还因回扣获得的不当利益，并赔偿因此给公司造成的全部损失。
行政层面：
- 根据《中华人民共和国反不正当竞争法》，经营者在交易活动中给予对方单位或个人财物或其他利益，构成商业贿赂。虽然此条款主要针对给予回扣的行为，但接受回扣的公司经理同样可能因参与不正当竞争行为而受到行政处罚，如罚款等，具体取决于其在交易中的角色和行为的性质。不过，更直接的是，若公司因经理吃回扣行为被认定为参与商业贿赂，公司可能面临没收违法所得、罚款甚至吊销营业执照的处罚，而经理作为直接责任人，也可能受到相应的行政处分。
刑事层面：
- 非国家工作人员受贿罪：依据《中华人民共和国刑法》第一百六十三条，公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务便利索取或非法收受他人财物，为他人谋取利益，且数额较大者，将面临三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大或有其他严重情节者，将受三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或有其他特别严重情节者，则将面临十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金。公司经理作为公司员工，若吃回扣行为符合此条款规定，将构成非国家工作人员受贿罪。
- 受贿罪：若公司经理属于国家工作人员（如国有公司、企业中的管理人员），利用职务便利进行索贿或受贿，同样将受到法律的严惩，具体刑罚依据受贿数额和情节而定，可能构成受贿罪，依据《中华人民共和国刑法》第三百八十五条、第三百八十六条进行处罚。
二、处理方式
内部调查：公司发现经理涉嫌吃回扣后，应立即启动内部调查程序，收集相关证据材料，如交易记录、通讯记录、证人证言等。
纪律处分：根据内部调查结果，公司应依据规章制度对违规经理进行纪律处分，包括但不限于警告、罚款、降职或解雇等。
法律追究：对于涉嫌犯罪的经理，公司应及时将其移送司法机关处理，以确保法律的严肃性和公正性。同时，公司也可以考虑向公安机关报案，由公安机关立案侦查。
三、预防措施
为有效预防公司经理吃回扣行为的发生，公司应采取以下措施：
- 加强员工培训：提高员工的法律意识和职业道德水平，让员工明白吃回扣行为的违法性和严重后果。
- 建立完善的内部控制制度：确保交易的透明化和规范化，如实行公开招标、集中采购等制度，减少回扣行为的发生机会。
- 定期对交易活动进行审计和检查：及时发现并纠正违规行为，对涉嫌吃回扣的行为进行严肃处理。
- 鼓励员工积极举报：对举报人给予适当的奖励和保护，形成内部监督机制，让吃回扣行为无处遁形。
综上所述，公司经理吃回扣是违法的行为，其违法性复杂且后果严重。公司应加强内部管理，完善制度机制，确保员工遵守法律法规和职业道德规范。同时，对于发现的违规行为，应依法依规进行处理，以维护公司的合法权益和市场秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。