关于劳动合同到期不续签的赔偿是否扣税的问题，结论前置如下：
- 若赔偿金在当地上年职工平均工资3倍以内，则免征个人所得税。
- 若赔偿金超过当地上年职工平均工资的3倍，超出部分需依法缴纳个人所得税。
详细解释与法律依据：
首先，我们需要明确的是，劳动合同到期不续签时，公司支付的赔偿金（通常称为经济补偿金）是否需要扣税，主要取决于赔偿金的数额。这一规定来源于国家税务总局对于个人因解除劳动关系取得的一次性补偿收入的税务处理规定。
1. 免征个人所得税的情况：
- 根据相关规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括经济补偿金、生活补助费和其他补助费用），如果其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，是免征个人所得税的。这一政策体现了对劳动者合理经济补偿的税收优惠，旨在减轻劳动者的税务负担。
2. 需要缴纳个人所得税的情况：
- 当赔偿金数额超过当地上年职工平均工资的3倍时，超出部分就需要按照税法规定计算并缴纳个人所得税了。具体计算方法为：将超出3倍数额部分的赔偿金除以个人在本企业的工作年限数（超过12年的按12年计算），以其商数作为个人的月工资、薪金收入，然后依据综合所得税率表计算应缴纳的税额。
举例说明：
假设某地区上年职工平均工资为10万元，劳动者在本企业工作了10年，劳动合同到期不续签时获得的赔偿金为40万元。那么，其中30万元（即3倍职工平均工资）是免征个人所得税的，而超出的10万元则需要缴纳个人所得税。这10万元将除以10年（劳动者的工作年限），得到每年1万元的应税收入，再按照个人所得税法规定的税率和速算扣除数计算应缴纳的税额。
注意事项与实际操作建议：
- 赔偿金计算方式：经济补偿金通常根据劳动者在本单位工作的年限来计算，每满一年支付一个月工资的标准。对于六个月以上不满一年的情况，按一年计算；不满六个月的，则向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 地区差异考虑：由于各地区的职工平均工资水平存在差异，因此判断赔偿金是否需要扣税以及具体的扣税标准时，必须结合当地的具体规定来执行。
- 税务申报与缴纳：在收到赔偿金后，如确定有应税部分，劳动者应依法进行税务申报并及时缴纳相应的税款，以避免可能的税务风险。
综上所述，劳动合同到期不续签的赔偿是否扣税，关键在于赔偿金的数额与当地上年职工平均工资的比较。劳动者在收到赔偿金时，应仔细核对自己的赔偿金额度，并根据当地税务规定进行相应的税务处理。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的税务指导。