结论：企业诈骗国家专项补贴，公司高管未被抓而中层被抓，这一行为是否合法合规，不能一概而论，需结合具体案情、证据以及相关法律规定来综合判断。以下从多个角度进行分析：

1. 从犯罪构成的角度分析：

   • 在金融诈骗类犯罪中，无论是高管还是中层，只要其参与了诈骗行为，且该行为符合犯罪构成要件（如具有非法占有目的、实施了欺骗行为、骗取了国家专项补贴等），都可能构成犯罪。
   • 如果中层员工确实参与了诈骗行为，而高管未直接参与或证据不足以证明其参与，那么仅抓捕中层员工是合法的。因为法律追究的是实际犯罪者的责任，而非基于职位高低来决定。

2. 从证据收集的角度分析：

   • 侦查机关在办理案件时，会根据证据情况来决定抓捕对象。如果目前掌握的证据仅指向中层员工，而不足以证明高管也参与了诈骗，那么侦查机关可能会先抓捕中层员工进行进一步调查。
   • 随着调查的深入，如果发现了高管参与诈骗的证据，侦查机关也会依法对高管进行抓捕。因此，抓捕顺序并不直接决定案件的合法性，关键在于证据的充分性和合法性。

3. 从法律程序的角度分析：

   • 侦查机关在抓捕犯罪嫌疑人时，必须遵循法定程序，如取得逮捕证、搜查证等法律文书，确保抓捕行为的合法性。
   • 如果侦查机关在抓捕中层员工时，未遵循法定程序或存在其他违法行为，那么该抓捕行为可能是不合法的。但这与高管是否被抓无直接关系，而是与抓捕行为的合法性有关。

4. 从企业责任的角度分析：

   • 企业作为诈骗行为的主体，如果其高管或中层员工实施了诈骗行为，企业可能也需要承担相应的法律责任。但这并不意味着所有相关人员都必须同时被抓捕。
   • 企业的法律责任与个人的法律责任是分开的。企业可能因管理不善、制度漏洞等原因承担行政责任或民事责任，而个人则因其具体犯罪行为承担刑事责任。

建议：

• 对于中层员工而言，如果确实被卷入此类案件，应积极配合侦查机关的调查，如实陈述事实，争取从轻处理。
• 对于企业高管而言，如果担心自己可能涉及此类案件，应尽快咨询专业律师，了解自己的法律风险，并采取相应的防范措施。
• 对于企业而言，应加强内部管理，完善制度建设，防止类似诈骗行为的发生。同时，如果发现员工有诈骗行为，应及时向侦查机关报案，并配合调查工作。

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