结论前置：个体工商户注销后，员工申请劳动仲裁确实存在一定限制，主要体现在主体资格和仲裁时效两个方面。但具体能否申请及成功与否，还需结合实际情况判断。
详细分析：
一、主体资格限制
个体工商户注销后的主体问题：
- 个体工商户在法律上属于用人单位的一种形式。当个体工商户注销后，其作为用人单位的主体资格即消灭，这意味着在劳动仲裁中，原本的个体工商户无法再作为被申请人。
可追加的被申请人：
- 尽管个体工商户注销，但劳动者仍有可能将相关责任主体列为被申请人。根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，个体工商户的债务，个人经营的以个人财产承担，家庭经营的以家庭财产承担。因此，在劳动争议中，劳动者可以考虑将个体工商户的经营者（或家庭经营者）列为被申请人，要求其承担个体工商户存续期间的劳动用工责任。
二、仲裁时效限制
一般仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。若个体工商户注销后，员工未在一年内申请劳动仲裁，且不存在时效中断或中止的情形，则可能面临仲裁时效已过的问题。
时效中断与中止：
- 仲裁时效可能因特定情形而中断或中止。中断的情形包括：当事人一方向对方当事人主张权利，向有关部门请求权利救济，或对方当事人同意履行义务。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
- 中止的情形则包括：因不可抗力或有其他正当理由，当事人不能在规定的仲裁时效期间申请仲裁。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
- 因此，即使个体工商户注销已超过一年，若存在时效中断或中止的情形，劳动者仍有可能在仲裁时效内申请劳动仲裁。
三、实际操作建议
- 评估时效情况：劳动者在考虑申请劳动仲裁前，应首先评估自己的情况是否符合时效中断或中止的条件。若存在这些情形，则应及时准备相关证据，以证明自己在仲裁时效内提出了申请。
- 收集证据：劳动者应尝试收集与个体工商户经营者相关的证据，如经营者的身份信息、个体工商户的注销证明、劳动关系证明等，以便在必要时将其列为被申请人。
- 咨询与申请：为确保自身权益得到妥善维护，劳动者应尽快咨询当地的劳动监察部门或劳动仲裁机构，了解具体的申请流程和所需材料，并按照要求提交申请。
四、特殊情况说明
- 劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的特殊规定，若争议发生在劳动关系存续期间且因拖欠劳动报酬而起，则劳动者申请仲裁不受一般仲裁时效期间的限制。但是，若劳动关系已终止，则劳动者应自劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。
综上所述，个体工商户注销后员工申请劳动仲裁确实存在一定限制，但具体能否申请及成功与否还需结合实际情况判断。劳动者应充分了解相关法律法规和仲裁程序，积极维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。