发现重要员工吃回扣是一个非常严重的问题，这不仅关乎公司的经济利益，还涉及到公司的声誉和长远发展。作为公司管理层或相关负责人，在处理这一问题时，需要采取全面而谨慎的策略。以下是我为您提供的详细解答：
一、迅速收集证据与启动内部调查
收集确凿证据：
- 审查书面证据：包括采购合同、销售发票、财务报销凭证等，仔细核对是否存在异常价格差异或虚假交易记录。
- 收集沟通记录：邮件、短信、聊天记录等可能包含员工与供应商或客户之间的不正当交易信息。
- 追踪交易记录：调查银行转账记录、支付凭证等，查明是否存在与回扣相关的异常资金往来。
成立调查小组：
- 由人力资源、法务和相关业务部门人员组成调查小组，确保调查的公正性和专业性。
- 开展正式的内部调查，与涉事员工进行正式谈话，告知其调查原因和已掌握的证据，并要求其对相关问题进行解释。谈话过程应详细记录，并要求员工签字确认。
二、根据公司规定与法律途径处理
依据公司规章制度处理：
- 若公司有明确的规章制度对吃回扣行为作出规定，且该规章制度已经过合法制定和公示程序，则应按照规定对员工进行相应的处罚，如警告、记过、降职、辞退等。
- 要求员工退还所收取的回扣款项，并赔偿公司因此遭受的经济损失。
考虑法律途径：
- 若员工吃回扣行为给公司造成了较大经济损失，或涉嫌犯罪（如非国家工作人员受贿罪），公司可考虑向法院提起民事诉讼或向公安机关报案，追究其法律责任。
- 在此过程中，应咨询专业律师，确保公司的法律行动合法有效。
三、公正处理与员工教育
保持公平公正态度：
- 在处理过程中，既要维护公司利益，也要确保不冤枉员工。若员工认错态度良好，愿意改正，并主动退还回扣款项，公司可考虑从轻处罚，并给予其改正的机会。
加强员工教育：
- 对全体员工进行法律法规和职业道德培训，提高员工的法律意识和廉洁意识。
- 强调公司对吃回扣等违规行为的零容忍态度，营造诚信、正直的企业文化。
四、完善公司制度与管理
加强内部监督：
- 建立健全内部监督机制，加强对采购、销售、财务等关键环节的监督和管理。
- 设立专门的内部审计部门，定期进行审计，及时发现和纠正违规行为。
完善规章制度：
- 对公司的规章制度进行全面梳理和完善，明确禁止吃回扣等商业贿赂行为，并制定相应的处罚措施。
- 确保规章制度的合法性和有效性，使其成为员工行为的准则。
优化业务流程：
- 对公司的业务流程进行优化，减少人为因素的干扰，降低吃回扣等违规行为的发生风险。
- 例如，实行采购招标制度、加强对供应商的管理和评估等，以确保业务活动的透明度和公正性。
五、后续跟进与预防措施
持续跟进处理结果：
- 对涉事员工的处理结果进行持续跟进，确保处罚措施得到有效执行。
- 关注员工的思想动态和工作表现，防止类似问题再次发生。
建立预防机制：
- 定期开展反腐败和合规培训，提高员工的合规意识和风险防范能力。
- 鼓励员工举报违规行为，建立举报奖励制度，形成全员参与的反腐败氛围。
综上所述，处理重要员工吃回扣问题需要公司采取全面而谨慎的策略。通过收集证据、内部调查、依据公司规定和法律途径处理、公正处理与员工教育以及完善公司制度与管理等措施，公司可以有效应对这一问题，维护自身利益和声誉，同时促进企业的长远发展。