结论：单位员工发生工伤后，私自盖公司公章进行工伤认定程序，这一行为本身是违规的，可能涉及伪造公文、印章等违法行为，并可能影响工伤认定的合法性和有效性。

详细分析：

1. 公章使用的合法性：

   • 公章是公司的重要法律文件签署工具，其使用必须严格遵守公司规定和法律法规。私自盖公司公章，尤其是未经授权或违反公司规定的情况下，属于违规行为。
   • 在工伤认定程序中，公章的使用通常用于确认公司对工伤事实的认可或相关文件的真实性。私自盖公章可能破坏这一程序的公正性和合法性。

2. 工伤认定程序的合法性：

   • 工伤认定是一个法定的程序，需要遵循一定的步骤和规定。这通常包括提交工伤报告、进行工伤调查、组织医疗鉴定等环节。
   • 私自盖公章进行工伤认定，可能绕过或违反了这些法定程序，导致工伤认定结果的不合法或无效。例如，如果公司并未实际认可工伤事实，但公章被私自使用，那么基于该公章的工伤认定决定可能被视为无效。

3. 法律后果：

   • 私自盖公司公章可能构成伪造公文、印章等违法行为，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能面临刑事处罚。
   • 同时，这一行为也可能影响工伤认定的合法性和有效性，导致员工无法获得应有的工伤赔偿。如果工伤认定被撤销或视为无效，员工可能需要重新进行工伤认定程序，甚至可能面临无法获得赔偿的风险。

4. 建议措施：

   • 对于公司而言，应加强对公章的管理和使用规定，确保公章的使用符合法律法规和公司规定。同时，应积极配合工伤认定程序，提供必要的文件和证据，以维护员工的合法权益。
   • 对于员工而言，如果发生工伤，应及时向公司报告，并按照公司规定和法律法规进行工伤认定程序。不应私自盖公司公章或采取其他违规行为，以免影响工伤认定的合法性和有效性。

特殊情况说明：

• 如果员工在紧急情况下为了尽快获得工伤认定而私自盖了公司公章，但事后得到了公司的认可或追认，且工伤事实确实存在，那么这种情况可能不会对工伤认定的合法性产生太大影响。然而，这仍然是一种违规行为，不建议员工采取。

总结与提醒： 私自盖公司公章进行工伤认定程序是违规的，可能涉及违法行为并影响工伤认定的合法性和有效性。公司和员工都应严格遵守法律法规和公司规定，确保工伤认定程序的公正性和合法性。如果你或你的公司遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律建议和帮助。