自来水公司与单位签订供水协议是合法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律基础与合同性质

供用自来水合同，是供水方（自来水公司）与用水方（单位或个人）之间，就自来水的供应和使用所达成的权利义务关系的法律协议。这种合同关系受到《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规范和保护。因此，自来水公司与单位签订供水协议，在法律上是完全可行的，也是保障双方合法权益的重要手段。

合同内容与合法性要素

一个合法的供用自来水合同，应当包含以下基本要素：

1. 合同双方：明确供水方（自来水公司）和用水方（单位）的身份、地址及联系方式，确保合同主体的合法性。
2. 供水方式与水质要求：供水方应通过城市供水管网向用水方提供符合国家饮用水卫生标准的自来水，并定期对水质进行检测，提供水质检测报告。
3. 用水地址、性质与计量收费：明确具体的用水地点、用水性质（如居民生活用水、商业用水等），以及水费的计量方式和收费标准。水费应按照当地政府规定或双方约定的价格标准执行，计费周期明确。
4. 供用水设施的维护与管理：供水方负责从水源地到用水方水表前的供水设施的维护、管理和更新改造；用水方则负责水表后的用水设施的维护和管理。
5. 合同变更、解除与违约责任：双方应协商一致可变更或解除合同；因不可抗力或其他法定事由导致合同无法履行的，也可解除合同。同时，合同应明确双方违约时的责任承担方式。

合法性的具体体现

1. 自愿原则：自来水公司与单位签订供水协议，是基于双方的自愿和协商一致。任何一方都不得强迫对方签订或履行合同，这体现了合同法的自愿原则。
2. 平等原则：在签订供水协议时，自来水公司和单位作为合同双方，地位是平等的。他们享有相同的权利和义务，任何一方都不得利用自己的优势地位损害对方的利益。
3. 公平原则：供水协议的内容应当公平合理，既要保障供水方的合法权益，也要考虑用水方的实际需求和经济承受能力。例如，水费的收费标准应当合理透明，不得存在乱收费或歧视性收费的情况。
4. 合法合规性：供水协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反国家强制性标准或损害社会公共利益。例如，水质必须符合国家饮用水卫生标准，供水设施必须符合安全要求等。

实际操作中的注意事项

1. 仔细审查合同条款：在签订供水协议前，单位应仔细审查合同条款，确保内容全面、准确且符合法律法规要求。特别是关于水费收费标准、计费周期、违约责任等关键条款，要明确无误。
2. 保留相关证据：在履行合同过程中，单位应保留好与供水协议相关的所有证据，如水费账单、水质检测报告、维修记录等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
3. 及时沟通协商：如果在使用自来水过程中遇到任何问题或纠纷，单位应及时与自来水公司沟通协商，寻求解决方案。如果协商不成，可以依法向有管辖权的人民法院提起诉讼。

如果你在签订或履行供水协议过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。