商标侵权处罚案件移送公安机关后，行政机关原则上不再继续办理该案件，但存在例外情形。具体分析如下：

1. 一般原则：移送后行政机关停止办理
   根据《行政处罚法》第二十七条及《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，行政机关在查处商标侵权案件时，若发现违法行为涉嫌犯罪（如假冒注册商标罪、销售假冒注册商标的商品罪等），应当在3个工作日内将案件移送公安机关，并不得以行政处罚代替刑事处罚。此时，行政机关的调查程序终止，案件进入刑事司法程序。

2. 例外情形：行政机关可继续处理非犯罪部分
   若商标侵权行为同时涉及行政违法与刑事犯罪（如部分侵权商品未达刑事立案标准），行政机关在移送犯罪线索后，可对未构成犯罪的违法行为继续调查并作出行政处罚。例如：

   • 侵权人销售假冒商品，其中部分商品金额达到刑事立案标准（如销售金额5万元以上），部分未达到；
     
   • 公安机关仅对刑事部分立案后，行政机关可对未达刑事标准的部分（如剩余商品）作出罚款、没收等行政处罚。

3. 程序衔接：行政机关需配合公安机关
   移送后，行政机关应将案件材料（如现场检查记录、鉴定意见等）一并移交公安机关，并不得擅自销毁或隐匿证据。若公安机关认为不构成犯罪并退回案件，行政机关可重新启动行政处罚程序，但需避免重复处罚（如已作出罚款的，不得再次罚款）。

建议：若您涉及商标侵权案件被移送公安机关，需重点关注：

• 公安机关是否立案及立案范围；
  
• 行政机关是否对未移送部分继续处理；
  
• 刑事程序与行政程序的证据衔接问题。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据和法律程序为您分析风险与应对策略。