结论前置：违反《劳动法》第三十九条（实际应为《劳动合同法》第三十九条，以下均以此为准）是否可以直接辞退，取决于多个因素，包括规章制度的合法性、员工违规行为的严重程度以及辞退程序的合规性。只有在规章制度合法有效、员工严重违规且辞退程序合法的情况下，公司才能直接辞退员工。
可以直接辞退的情况
规章制度合法有效：
- 公司的规章制度必须内容合法、制定程序合法，并经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），且已向劳动者公示或告知。
- 例如，规章制度明确规定“员工不得在工作时间内从事与工作无关的活动，否则视为严重违反规章制度”，且该规定已经过合法程序制定并公示。
严重违反规章制度：
- 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。这里的“严重”通常指对公司造成了较大影响或损害的行为。
- 例如，员工多次旷工、故意泄露公司商业秘密、在工作场所打架斗殴等行为，通常会被认定为严重违反规章制度。
辞退程序合法：
- 公司在辞退员工时，应遵循法定程序，如提前通知员工、说明辞退原因、听取员工申辩等。若公司建立了工会组织，还需按照《劳动合同法》第四十三条的规定事先通知工会。
- 确保辞退行为符合法律法规的要求，避免因此产生的法律风险。
不能直接辞退的情况
规章制度存在瑕疵：
- 如果规章制度内容违法或制定程序不合法，即使员工违规，公司也不能依据该规章制度直接辞退员工。
- 例如，规章制度中过于严苛或不合理的条款，如“员工迟到一次即辞退”可能被视为无效。
未达到严重程度：
- 如果员工的违规行为情节较轻，未达到严重违反规章制度的程度，公司不能直接辞退员工。
- 应采取其他适当的管理措施，如批评教育、警告、罚款等。
程序违法：
- 即使员工严重违规，如果公司在辞退过程中未遵循法定程序，辞退行为也可能被认定为无效。
- 例如，未提前通知员工、未听取员工申辩、未通知工会等。
特殊情况与注意事项
- 经济损失赔偿：如果员工的行为不仅违反了公司规章制度，还给公司造成了经济损失，公司有权要求员工按照劳动合同的约定承担赔偿责任。但经济损失的赔偿应从员工的工资中扣除时，需遵守相关法律法规的限制，如每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 工会程序：若公司建立了工会组织，在辞退员工前需按照《劳动合同法》第四十三条的规定事先通知工会，并听取工会的意见。若未履行该程序，辞退行为可能被认定为违法。
总结与建议
综上所述，违反《劳动合同法》第三十九条是否可以直接辞退，并非一概而论。公司需要综合考虑规章制度的合法性、员工违规行为的严重程度以及辞退程序的合规性等多个因素来做出决定。在任何情况下，公司都应确保其行为符合法律法规的要求，以维护员工的合法权益和公司的稳定运营。
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