针对员工不配合职责内工作的情况，企业可依法依规采取以下措施，具体需结合实际情况选择适用：

1. 内部制度约束
   企业应首先核查劳动合同、员工手册或规章制度中是否明确规定了岗位职责、工作纪律及违反后果。若员工行为违反内部规定，企业可依据制度进行警告、扣减绩效、调岗等处理。关键点：制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则可能因程序瑕疵被认定无效。

2. 沟通与培训
   若员工因能力不足或误解职责导致不配合，企业应先通过书面或会议形式明确其职责，并留存沟通记录。可安排针对性培训或调整分工，若员工仍拒绝配合，则可固定其“拒不履行职责”的证据，为后续处理提供依据。

3. 纪律处分与解除合同
   若员工行为构成严重违纪（如长期旷工、故意拖延导致重大损失），企业可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，且无需支付经济补偿。注意：需满足“严重性”标准（如造成直接经济损失、影响核心业务等），并保留书面警告、损失证明等证据。

4. 法律风险防范

   • 避免以“不配合工作”为由直接降薪或停职，可能涉嫌违法变更劳动合同；
     
   • 解除合同前需通知工会（如有），并听取其意见；
     
   • 若员工以“未提供劳动条件”为由反诉，企业需证明已尽合理管理义务。

建议行动步骤：

1. 核查内部制度合法性；
   
2. 固定员工不配合的证据（如邮件、聊天记录、监控）；
   
3. 根据情节轻重选择沟通、处分或解除合同；
   
4. 必要时咨询劳动法律师完善程序。
   

如有具体案例细节（如员工行为表现、企业制度内容等），可进一步分析风险点。