结论前置：员工旷工三天自动离职后，工资的发放时间并非由“自动离职”这一行为直接决定，而是应遵循劳动合同的约定以及公司规章制度中关于工资支付时间的规定。不过，无论何时发放，公司都应当支付员工实际出勤天数的工资，且不得克扣或无故拖欠。
法律背景与原则
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，只要劳动者提供了劳动，用人单位就应当支付相应的报酬。
旷工与工资的关系：
- 旷工是违反公司规章制度的行为，但并不意味着劳动者丧失了获得已提供劳动部分报酬的权利。公司不能因员工旷工而拒绝支付其已工作天数的工资。
“自动离职”的法律效力：
- “旷工三天自动离职”通常是公司内部的规定，并非法律直接规定。如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了旷工达到一定天数视为自动离职，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以依据此规定处理劳动关系。但这并不影响劳动者获得已提供劳动部分的工资。
工资发放时间的具体分析
劳动合同与公司规章制度：
- 工资的发放时间通常会在劳动合同中明确约定，或者在公司规章制度中有所规定。如果合同或制度中规定了具体的发薪日，那么公司应当按照该日期支付工资，无论员工是否旷工或自动离职。
实际操作中的灵活性：
- 在实际操作中，如果员工旷工三天后自动离职，且公司希望尽快结算工资以避免纠纷，那么公司可以选择在员工离职时立即结算并支付工资。但这并非法律强制要求，而是公司的一种管理选择。
法律后果与维权途径：
- 如果公司拒绝支付员工应得的工资，员工有权通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应保留好相关证据，如考勤记录、工资条、工作证等，以便在需要时提供证明。
建议与注意事项
查看劳动合同和公司规章制度：
- 员工应仔细查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解关于旷工、自动离职以及工资支付的具体规定。
与公司协商沟通：
- 如果员工对工资的发放时间有疑问或不满，建议首先与公司进行协商沟通，寻求双方都能接受的解决方案。
保留证据以备维权：
- 在任何情况下，员工都应保留好与工作相关的证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
综上所述，员工旷工三天自动离职后，工资的发放时间应遵循劳动合同的约定以及公司规章制度中关于工资支付时间的规定。公司应当支付员工实际出勤天数的工资，且不得克扣或无故拖欠。如果员工对工资的发放有疑问或不满，建议与公司进行协商沟通，并保留好相关证据以备维权。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。