公司破产清算时，确实需要支付员工赔偿金，并且这一支付是合法的。以下从多个角度为您详细分析：

一、法律依据与支付顺序

根据《中华人民共和国企业破产法》第一百一十三条的规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，需依照特定顺序进行清偿。首要清偿的便是破产人所欠职工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，还有法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。这一规定确保了员工在企业破产时的基本权益得到优先保障。

二、赔偿金的具体内容与计算

1. 经济补偿金：若企业因破产导致劳动合同无法继续履行，需按员工在企业的工作年限支付经济补偿金。具体计算标准为：每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。这里的月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

计算公式：

• 经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（月工资≤当地上年度职工月平均工资三倍）
• 经济补偿金 = 工作年限 × 当地上年度职工月平均工资三倍（月工资>当地上年度职工月平均工资三倍，且支付年限≤12年）

1. 其他补偿：除了经济补偿金外，企业还需清偿拖欠的员工工资、未缴纳的社会保险等费用。

三、特殊情况下的处理

若破产企业的财产不足以全额清偿同一顺序的所有债权，包括员工的赔偿金，则这些债权将按比例进行分配。这意味着员工可能无法获得全额赔偿，但会依据法定程序得到部分补偿。此外，如果公司破产并非由于正常经营原因，而是由于员工自身严重违反公司规章制度等行为导致的，公司可能可以依据相关法律规定免除部分或全部的补偿责任。但这种情况需要根据具体法律规定和实际情况来判断，并确保符合法律程序和要求。

四、员工权益的特别保障

在企业破产程序中，员工的权益受到特别关注。为确保员工的合法权益不受损害，破产程序中会有专门机构或人员负责处理员工的权益问题，确保他们能够得到应有的赔偿和安置。同时，员工也有权了解公司清算情况，并监督公司是否依法依规对员工进行补偿。如公司未按规定支付补偿，员工可通过劳动争议仲裁、诉讼等法律途径维护自身合法权益。

五、实际操作建议

1. 员工应密切关注破产程序的进展：了解公司清算情况，确保自己的权益得到及时有效的保障。
2. 积极配合相关机构或人员的工作：在破产程序中，员工应积极配合清算组或管理人的工作，提供必要的证据和资料，以便顺利获得赔偿。
3. 及时咨询专业律师：如遇到复杂的法律问题或纠纷，员工应及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

综上所述，公司破产清算时支付员工赔偿金是合法的，并且这一支付受到法律的严格保障。员工应了解自己的权益和法律途径，以便在必要时维护自己的合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。