结论：合同只盖了一方章且款项已付的情况下，合同是否有效需分情况讨论，不能一概而论。

分析：

1. 合同生效的一般条件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效通常需要满足几个基本条件：当事人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗，以及合同内容明确且可能履行。
   • 盖章是合同成立的一种形式要件，但并非唯一要件。合同也可以通过签字、按手印等方式成立。

2. 只盖一方章的情况：

   • 如果合同只盖了一方的章，而另一方没有签字或盖章，这通常意味着合同尚未得到另一方的完全确认。然而，如果另一方已经实际履行了合同的主要义务（如支付了款项），这可能被视为对合同的默认接受或追认。
   • 在这种情况下，如果支付款项的一方能够证明其支付行为是基于对合同的认可和履行意愿，且该行为符合合同的目的和交易习惯，那么合同可能被视为有效。但这也取决于具体案件的事实和证据情况，以及法院或仲裁机构的判断。

3. 款项已付的影响：

   • 款项的支付是合同履行的一个重要方面。如果一方已经按照合同约定支付了款项，这通常表明其愿意履行合同义务，并可能被视为对合同的接受。
   • 然而，款项的支付并不自动使合同有效。如果合同本身存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫、重大误解等），那么即使款项已付，合同也可能被认定为无效或可撤销。

4. 具体案例分析：

   • 在实际操作中，法院或仲裁机构会综合考虑合同的具体内容、当事人的行为、交易习惯以及相关法律法规等因素来判断合同的效力。
   • 例如，如果合同内容明确、双方意思表示真实、且没有违反法律或行政法规的强制性规定，同时一方已经实际履行了合同的主要义务（如支付了款项），那么合同很可能被认定为有效。

建议：

• 如果您是合同的一方，且合同只盖了您的章而另一方未签字或盖章，但款项已付，建议您尽快与另一方沟通，确认其对合同的认可和履行意愿，并考虑补充签字或盖章以完善合同形式。
• 如果您对合同的效力存在疑虑或争议，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。

后续行动：

• 在处理此类合同纠纷时，重要的是收集并保留所有相关证据，如合同文本、付款凭证、通信记录等，以便在需要时证明您的权益。
• 如果争议无法通过协商解决，您可能需要考虑通过法律途径（如诉讼或仲裁）来维护自己的权益。在此过程中，专业律师的协助将至关重要。

如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。