结论：针对物业服务合同未经业主大会表决通过但已备案的情况，整改的关键在于确认合同效力并依据相关法律法规采取相应措施。以下从合同效力、整改措施、法律后果三个角度进行详细分析。
一、合同效力分析
未经业主大会表决通过的合同效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关物业管理法规，物业服务合同的签订通常需要经过业主大会的表决通过，以确保合同内容符合大多数业主的意愿和利益。
- 若合同未经业主大会表决通过，则可能因缺乏合法授权而面临效力瑕疵问题。但具体效力需结合合同签订时的实际情况、业主大会的召开程序、业主的知情权等因素综合判断。
已备案合同的效力：
- 备案是行政管理的一种手段，旨在加强监管，但备案本身并不直接决定合同的法律效力。
- 已备案的合同若存在效力瑕疵，如未经业主大会表决通过，仍可能因违反法定程序而被认定为无效或可撤销。
二、整改措施
确认合同效力：
- 首先，应组织业主大会或业主委员会对合同效力进行审查，确认合同是否未经表决通过或存在其他效力瑕疵。
- 若确认合同存在效力问题，应及时与物业服务企业沟通，协商解决方案。
重新表决或签订合同：
- 若合同确实未经业主大会表决通过，且业主大会认为需要更换物业服务企业或修改合同条款，应按照法定程序重新召开业主大会进行表决。
- 根据表决结果，与物业服务企业重新签订合同或修改原合同条款。
行政投诉或法律诉讼：
- 若物业服务企业拒绝配合整改或存在其他违法行为，业主可以向当地房地产行政主管部门投诉，请求行政干预。
- 在必要时，业主或业主委员会也可以依法向人民法院提起诉讼，请求确认合同无效或撤销合同，并要求物业服务企业承担相应的法律责任。
三、法律后果
合同无效或撤销的法律后果：
- 若合同被确认无效或被撤销，物业服务企业应停止提供物业服务，并退还已收取的但未提供服务的费用。
- 物业服务企业因合同无效或撤销而遭受的损失，若因其自身过错导致，应自行承担；若因业主或业主委员会的过错导致，可依法向责任方追偿。
行政处罚的法律后果：
- 若物业服务企业存在未经业主大会表决通过擅自签订合同、未按规定备案等违法行为，房地产行政主管部门可依法对其进行行政处罚，如罚款、吊销资质证书等。
建议：针对您所描述的情况，我建议您首先组织业主大会或业主委员会对合同效力进行审查，并根据审查结果采取相应的整改措施。若遇到困难或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。