结论：有土地承包经营权证书的土地被确权为滩涂，这一行为是否合法，需根据具体情况判断，若土地原本性质即为滩涂且承包经营权证书的颁发存在错误或特殊情况，确权为滩涂可能是合法的；若土地原本并非滩涂，或确权过程存在违法违规行为，则确权为滩涂是不合法的。
分析说明：
土地性质与承包经营权证书的关系：
- 土地承包经营权证书是农民依法享有土地承包经营权的法律凭证。其颁发应基于土地的实际性质和用途。
- 如果土地原本就是滩涂，且由于历史原因或特殊政策被错误地颁发了土地承包经营权证书，那么在后续的确权过程中，将其确权为滩涂可能是合法的，但需要经过严格的法律程序和审批。
确权过程的合法性：
- 确权是指对土地权属的确认和登记，必须遵循相关法律法规和程序。
- 如果确权过程中存在违法违规行为，如未经合法程序、未听取相关利害关系人的意见、未进行实地勘查等，那么确权结果可能是不合法的。
- 在这种情况下，如果土地原本并非滩涂，却被确权为滩涂，那么这一行为显然是不合法的，相关权利人可以依法提出异议或申请复议。
特殊情况下的确权：
- 在某些特殊情况下，如土地因自然灾害、政策调整等原因发生性质变化，或者由于历史遗留问题导致土地权属不清，确权过程可能会更加复杂。
- 在这些情况下，确权为滩涂是否合法，需要根据具体情况和相关法律法规进行判断。如果确权过程符合法律法规和程序要求，且能够充分保障相关利害关系人的合法权益，那么确权结果可能是合法的。
法律建议：
- 如果您认为自己的土地承包经营权证书被错误地确权为滩涂，首先应当收集相关证据，如土地承包经营权证书、土地现状照片、相关政策文件等。
- 然后，您可以向当地土地管理部门或农业部门提出异议或申请复议，要求重新进行确权。
- 如果对复议结果不满意，您还可以依法向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
后续行动指引：
- 在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，不要采取过激行为。
- 同时，您可以咨询专业律师（即我本人，唐美珍律师，专注于离婚、经济纠纷领域，也处理过不少土地纠纷案件），以获取更具体的法律建议和帮助。
- 在整个过程中，务必保留好所有相关证据和文件，以备不时之需。