结论：行政机关超过60天后回复履职申请书，并非无论回复内容如何都合法或有效，需结合具体情形判断其法律后果。

1. 程序违法性：超期回复本身构成程序违法
   根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十七条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第六十六条，公民、法人或其他组织申请行政机关履行保护人身权、财产权等合法权益的法定职责，行政机关在接到申请后两个月内（即60日）不履行的，申请人可向法院提起诉讼。若行政机关超过60日才回复，无论回复内容是否实质处理申请，均已违反法定程序，构成程序违法。

2. 回复内容的法律效力需分情况讨论

   • 若回复实质拒绝履职或未完全履职：
     即使行政机关在超期后回复，若其内容明确拒绝履行法定职责（如以“不属于职责范围”“条件不满足”等理由驳回），或未完全履行申请事项（如仅部分处理），申请人仍可针对该回复内容提起行政诉讼，要求法院确认行政机关不作为或违法，并责令其重新履职。此时，超期回复不影响实体争议的审理，但可能成为法院认定行政机关程序违法的依据。
     
   • 若回复实质同意履职但超期：
     若行政机关在超期后回复同意履行职责（如承诺补办手续、调查处理等），但因超期已导致申请人权益受损（如延误诉讼时效、造成经济损失等），申请人仍可主张行政机关程序违法，并要求赔偿因超期导致的合理损失。此时，回复内容虽同意履职，但超期行为本身仍需承担法律责任。
     

3. 例外情形：紧急情况或法定延长
   若行政机关能证明因不可抗力、申请人原因（如申请材料不完整需补正）或法律明确规定的延长情形（如需听证、鉴定等）导致超期，且已依法履行告知义务，则可能免除程序违法责任。但此类情形需行政机关提供充分证据，否则仍需承担超期回复的法律后果。

建议：若您遇到行政机关超期回复履职申请的情况，可结合回复内容及自身权益受损情况，选择以下途径维权：

• 向上一级行政机关或同级政府申请行政复议，要求确认超期行为违法并责令履职；
  
• 直接向法院提起行政诉讼，主张行政机关程序违法并要求赔偿损失；
  
• 若涉及紧急权益保护（如人身安全、重大财产损失），可同时申请法院裁定先予执行。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合事实与法律为您详细分析。