医疗机构使用未在本机构注册的医师，将面临行政处罚，情节严重的还可能涉及刑事责任。具体分析如下：
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国医师法》以及《医疗机构管理条例》的相关规定，医疗机构必须确保其使用的医师均已在本机构注册或备案。若医疗机构使用未在本机构注册的医师从事诊疗活动，卫生行政部门将责令其限期改正，并可能处以罚款。罚款的数额根据违法行为的严重程度和造成的后果而定，一般可能在一万元以上十万元以下，具体数额需根据实际情况判断。
- 同时，对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，卫生行政部门也可能依法给予行政处分，如警告、记过、降级、撤职等。
情节严重时的刑事责任：
- 如果医疗机构使用未注册医师的行为导致了严重的医疗事故或患者损害，且该行为被认定为构成犯罪（如非法行医罪、医疗事故罪等），那么相关责任人员还可能面临刑事追究。
- 例如，若未注册医师在诊疗过程中因过失导致患者死亡或严重残疾，且该过失与未注册状态有直接关联，那么该医师以及医疗机构的相关责任人员可能因涉嫌医疗事故罪而被追究刑事责任。
其他后果：
- 除了行政处罚和可能的刑事责任外，医疗机构还可能因使用未注册医师而面临声誉损害、患者信任度下降等间接后果。这些后果虽然不直接涉及法律处罚，但对医疗机构的长期发展同样具有重要影响。
建议：医疗机构应严格遵守相关法律法规，确保所有从事诊疗活动的医师均已在本机构注册或备案。同时，医疗机构还应加强对医师的管理和培训，提高医师的专业素养和法律意识，以减少医疗事故和违法行为的发发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。