医师未经注册从事医疗活动，对医疗机构的处罚主要包括行政责任、民事责任及可能的刑事责任，具体如下：
行政责任：
- 责令停止执业活动：根据《中华人民共和国医师法》及相关规定，县级以上人民政府卫生健康主管部门有权责令医疗机构立即停止非法执业活动，以遏制违法行为的继续。
- 没收违法所得与物品：卫生健康主管部门将没收医疗机构因非法行医所获得的违法所得，以及用于非法行医的药品、器械等物品，剥夺其继续从事违法活动的物质基础。
- 罚款：医疗机构若允许未经注册的医师从事医疗活动，将面临罚款处罚。罚款数额根据违法所得的多少确定，可并处违法所得二倍以上十倍以下的罚款；若违法所得不足一万元，则处以一万元以上十万元以下的罚款。同时，根据《医疗机构管理条例》和《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》的相关规定，医疗机构还可能面临额外的罚款，如根据违法所得五倍以上二十倍以下的罚款，违法所得不足一万元的，按一万元计算。
- 警告、暂停执业及吊销执业证书：卫生行政部门还可根据情节轻重，对医疗机构给予警告、责令暂停6个月以上1年以下执业活动，甚至吊销其《医疗机构执业许可证》的处罚。
民事责任：
- 若医疗机构允许未经注册的医师从事医疗活动，并因此造成患者人身损害，医疗机构需承担相应的民事赔偿责任。这包括赔偿患者因治疗和康复支出的合理费用，如医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等，以及因误工减少的收入。若造成残疾或死亡，医疗机构还应赔偿相应的辅助器具费、残疾赔偿金、丧葬费和死亡赔偿金。
刑事责任：
- 若医疗机构允许未经注册的医师从事医疗活动，且情节严重，可能构成非法行医罪的共犯或单位犯罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，将面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金的刑罚。若严重损害就诊人身体健康，将处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，则处十年以上有期徒刑，并处罚金。医疗机构作为单位，若被认定构成非法行医罪，也将面临相应的刑事处罚。
总结与建议：
医疗机构作为提供医疗服务的专业机构，必须严格遵守国家法律法规，确保所有从事医疗活动的医师均具备合法的执业资格。允许未经注册的医师从事医疗活动不仅违反了法律法规，更对患者的健康和生命安全构成了严重威胁。因此，我建议医疗机构加强内部管理，完善医师注册和执业资格审核制度，确保所有医师均按照相关法规完成注册手续。同时，相关部门也应加强监管力度，严厉打击非法行医行为，保障医疗服务的专业性和安全性。若您在医疗纠纷、医疗事故赔偿或医疗事故鉴定方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。