医疗机构如果使用未注册的医师进行医疗活动，这一行为是违法的，并且会面临一系列严重的法律后果。以下是对此问题的详细解析：
一、行政责任
责令停止非法执业活动：县级以上人民政府卫生健康主管部门（或卫生行政部门）有权责令医疗机构立即停止使用未注册医师的非法执业活动，以遏制违法行为的继续。
没收违法所得与物品：卫生健康主管部门将没收医疗机构因使用未注册医师而获得的违法所得，以及相关的药品和医疗器械，剥夺其继续从事违法活动的物质基础。
罚款：根据违法情节的轻重，医疗机构可能面临违法所得二倍以上十倍以下的罚款。如果无法确定违法所得或违法所得不足一万元，则处以一万元以上十万元以下的罚款。
警告、暂停执业及吊销执业证书（针对医疗机构相关责任人）：根据情节轻重，卫生行政部门还可能对医疗机构的相关责任人给予警告、责令暂停6个月以上1年以下执业活动，甚至吊销其执业证书的处罚。
二、民事责任
如果医疗机构使用未注册医师导致患者人身损害，那么医疗机构和未注册医师都可能构成民事侵权。患者有权依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，要求医疗机构和未注册医师赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。若造成残疾或死亡，还应赔偿相应的辅助器具费、残疾赔偿金、丧葬费和死亡赔偿金。
三、刑事责任
在情节严重的情况下，医疗机构使用未注册医师可能构成非法行医罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，将面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金的刑罚。若严重损害就诊人身体健康，将处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，则处十年以上有期徒刑，并处罚金。这里的“未取得医生执业资格的人”包括医疗机构中未注册的医师。
总结与建议：
医疗机构使用未注册医师不仅违反法律法规，还严重威胁患者的生命安全和身体健康。因此，我强烈建议所有医疗机构在雇佣医师前，务必确认其是否已完成注册手续，并具备合法的执业资格。同时，医疗机构也应加强内部管理，定期对医师的执业资格进行审查，确保医疗服务的专业性和安全性。相关部门也应加强监管力度，严厉打击非法行医行为，以保障公众的健康与安全。