医疗机构使用未在本机构注册的医生，将面临一系列行政处罚，具体如下：
责令改正与警告：
- 根据《中华人民共和国医师法》第五十七条，医师未按照注册的执业地点执业的，由县级以上人民政府卫生健康主管部门或者中医药主管部门责令改正，给予警告。这一规定同样适用于医疗机构使用未注册医生的情况，即医疗机构需被责令改正其违法行为，并受到警告处罚。
没收违法所得：
- 在责令改正和警告的同时，卫生健康主管部门或中医药主管部门还有权没收医疗机构因使用未注册医生而获得的违法所得。这是为了剥夺医疗机构因违法行为而获得的经济利益，起到惩戒作用。
罚款：
- 除了没收违法所得外，医疗机构还可能面临罚款处罚。根据《中华人民共和国医师法》第五十七条，罚款金额在一万元以上三万元以下。然而，具体罚款数额可能因违法情节的严重程度而有所不同，有时可能达到更高的数额，如一万元以上十万元以下不等，这取决于具体的法律法规和地方性规定。
暂停执业或吊销执业证书：
- 如果医疗机构使用未注册医生的行为情节严重，卫生健康主管部门或中医药主管部门可以责令其暂停六个月以上一年以下的执业活动。在情节特别严重的情况下，甚至可能吊销医疗机构的执业证书，导致其无法继续开展医疗活动。
法律分析与建议：
- 严格遵守注册规定：医疗机构应严格遵守医师注册的相关规定，确保所有在本机构执业的医生都已按照规定进行注册或备案。这是避免行政处罚和保障医疗安全的基本要求。
- 加强内部管理：医疗机构应加强内部管理，建立完善的医生执业资格审核机制，确保每位医生的执业资格都符合法律法规的要求。同时，还应定期对医生的执业情况进行检查和评估，及时发现并纠正存在的问题。
- 增强法律意识：医疗机构及其管理人员应增强法律意识，了解并遵守相关法律法规和规章制度。在面临法律问题时，应及时咨询专业律师或法律机构，以获取准确的法律意见和帮助。
可能面临的法律后果：
- 如果医疗机构使用未注册医生的行为构成非法行医罪（尽管这一罪名通常针对个人，但医疗机构作为单位也可能因管理不善或纵容非法行医行为而承担相应责任），则可能面临更严重的法律后果，包括刑事处罚和民事赔偿等。然而，在大多数情况下，医疗机构主要面临的是行政处罚。
总结与提醒：
医疗机构使用未在本机构注册的医生是违法行为，将面临责令改正、警告、没收违法所得、罚款、暂停执业或吊销执业证书等行政处罚。因此，医疗机构应严格遵守相关法律法规和规章制度，确保所有在本机构执业的医生都具备合法的执业资格。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。