医疗机构使用未在该机构注册的护士，将面临行政处罚，具体处罚措施依据情节轻重有所不同。以下从不同角度详细分析：

1. 法律依据与处罚原则
   根据《护士条例》第二十八条，医疗机构允许未取得护士执业证书的人员或未依照本条例规定办理执业地点变更手续、未完成执业注册的护士在本机构从事诊疗技术规范规定的护理活动的，由县级以上地方人民政府卫生主管部门责令限期改正，给予警告；逾期不改正的，会根据国务院卫生主管部门规定的护士配备标准和要求，对医疗机构和负有责任的主管人员、其他直接责任人员予以处罚。
   若护士未在该机构注册但已取得护士执业证书，仅未办理执业地点变更，处罚相对较轻；若护士完全未取得执业证书，则属于非法执业，处罚更严厉。

2. 具体处罚措施

   • 警告与限期改正：卫生主管部门发现后，首先会责令医疗机构限期改正，并给予警告。这是最基础的处罚，旨在督促医疗机构立即停止违法行为。
     
   • 罚款：若医疗机构逾期未改正，卫生主管部门会根据护士配备标准和要求，对医疗机构处以罚款。罚款金额通常根据违法情节、持续时间及后果严重性确定，可能从数千元至数万元不等。
     
   • 对责任人员的处罚：除对医疗机构罚款外，卫生主管部门还可能对负有责任的主管人员和其他直接责任人员给予警告、罚款等处罚。若情节严重，如导致患者损害或引发医疗事故，责任人员可能面临更严厉的行政处分，甚至刑事责任。

3. 情节严重的认定与后果

   • 情节严重情形：包括多次违法、拒不改正、导致患者严重损害或引发重大医疗事故等。这些情形下，卫生主管部门会加重处罚，如吊销医疗机构执业许可证、吊销责任人员执业证书等。
     
   • 刑事责任风险：若未注册护士的非法执业行为构成犯罪，如非法行医罪，医疗机构和相关责任人员可能面临刑事追究。根据《刑法》第三百三十六条，非法行医罪可处三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。

4. 合规建议

   • 严格审核护士资质：医疗机构应建立严格的护士资质审核制度，确保护士均持有有效执业证书并已完成执业注册。
     
   • 定期自查与整改：定期开展自查，及时发现并纠正护士执业中的违规行为，避免被卫生主管部门查处。
     
   • 加强培训与教育：加强对护士的法律法规和职业道德培训，提高其法律意识和职业素养，减少违法风险。

医疗机构使用未在该机构注册的护士，将面临行政处罚，包括警告、罚款、吊销执业许可证等，情节严重者还可能承担刑事责任。因此，医疗机构应严格遵守相关法律法规，确保护士合法执业。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，可直接向我咨询。