建设工程结算协议一般应由发包方和承包方共同出具。以下是对此问题的详细分析：
一、结算协议的主体
在建设工程领域，结算协议是发包方和承包方就工程价款结算事宜达成的协议。因此，从法律关系的角度来看，结算协议的主体应当是发包方和承包方。这两方是建设工程合同的直接当事人，对工程的实施、价款的支付等核心问题具有直接的利益关系。
二、结算协议的出具过程
协商确定：在工程完工或达到约定的结算条件后，发包方和承包方会就工程价款进行协商。这个过程中，双方会依据合同约定、实际完成工程量、材料价格变动等因素，共同确定最终的结算金额。
签署协议：协商一致后，双方会签署结算协议，明确结算金额、支付方式、支付时间等关键条款。这个协议是双方对工程价款结算事宜的最终确认，具有法律效力。
三、特殊情况下的结算协议出具
存在分包或转包情况：如果建设工程存在分包或转包情况，那么结算协议的出具可能会涉及多方。但无论如何，最终与发包方进行结算的仍然是总承包方，分包方或转包方的权益应通过与总承包方的协议来保障。在涉及多方的情况下，各方的权益和责任应在结算协议中明确约定，以避免后续纠纷。
存在争议或纠纷：如果在结算过程中存在争议或纠纷，双方可能无法直接签署结算协议。这种情况下，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。一旦争议得到解决，双方应依据解决结果签署结算协议。
四、法律建议
明确约定：在签署建设工程合同时，双方应明确约定结算方式、结算时间等关键条款，以减少后续结算过程中的争议和纠纷。
保留证据：在工程实施过程中，双方应妥善保留与工程价款相关的证据，如工程量清单、材料价格变动证明等，以便在结算时提供有力支持。
及时签署：一旦双方就工程价款达成一致，应及时签署结算协议，以明确双方的权益和责任，避免后续纠纷。
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