工程结算的认定通常涉及多方主体，具体由谁认定需根据合同约定、法律规定及实际情况综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同约定优先
在建设工程领域，合同是双方权利义务的基础。如果合同中明确约定了工程结算的认定主体和程序，那么应当首先遵循合同约定。例如，合同可能约定由发包方、承包方共同委托第三方机构进行结算审核，或者约定由某一方单独负责结算认定。在这种情况下，双方应按照合同约定执行，以避免纠纷。
二、法律规定补充
如果合同中没有明确约定工程结算的认定主体，或者约定不明确，那么可以依据相关法律法规进行认定。
发包方与承包方自行结算：在缺乏明确约定的情况下，发包方和承包方可以自行协商进行工程结算。双方应依据合同条款、实际施工情况、工程量清单等资料，共同确定工程价款。
第三方机构审核：为了确保工程结算的公正性和准确性，双方也可以共同委托具有相应资质的第三方机构进行结算审核。第三方机构将依据相关法律法规、合同条款及实际施工情况，出具结算审核报告，作为双方结算的依据。
法院或仲裁机构裁定：如果双方在工程结算问题上存在争议，且无法通过协商或第三方机构审核解决，那么可以向法院提起诉讼或申请仲裁。法院或仲裁机构将依据相关法律法规、合同条款及实际证据，对工程结算问题进行裁定。
三、实际操作中的注意事项
保留证据：在工程结算过程中，双方应妥善保留与结算相关的所有证据，包括合同、施工图纸、工程量清单、变更通知、验收报告等。这些证据将在争议解决过程中发挥重要作用。
及时沟通：双方应保持及时、有效的沟通，就工程结算问题达成共识。如果发现结算过程中存在问题或争议，应及时提出并协商解决，避免问题扩大化。
遵循程序：无论采用哪种结算方式，双方都应遵循相应的程序和要求。例如，在委托第三方机构进行结算审核时，应确保第三方机构具有相应资质，并按照规定的程序进行审核。
四、可能面临的法律后果
如果双方在工程结算问题上存在争议，且无法通过协商或第三方机构审核解决，那么可能会面临法律诉讼或仲裁。在这种情况下，法院或仲裁机构将依据相关法律法规和合同条款进行裁定，并可能要求违约方承担相应的法律责任，如支付违约金、赔偿损失等。
建议：在工程结算过程中，双方应充分重视合同约定和法律规定，确保结算的公正性和准确性。如果遇到问题或争议，应及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。