针对您提出的“事实劳动关系的无故离职怎么处理”这一问题，我将从法律角度和实际操作层面为您详细解答。
首先，需要明确的是，在《劳动合同法》实施之后，已经不存在“自动离职”这一法律概念。当员工出现类似“自动离职”、“不辞而别”等情形时，用人单位不能直接认定双方劳动关系已经解除。这是因为，劳动关系的解除需要遵循一定的法律程序和规定，不能仅凭员工的不辞而别就单方面认定。
对于用人单位而言，应当采取以下措施：
要求员工办理辞职手续：即使员工已经不辞而别，用人单位仍应通过书面、电子邮件或短信等方式，要求员工回来办理辞职手续，包括工作交接、离职证明等。
送达催告复工通知书：如果员工未回应，用人单位可以送达催告复工通知书，明确告知员工其不辞而别的行为违反了公司规定，并要求其限期返回工作岗位或办理离职手续。
按照规章制度解除劳动关系：如果联系不上员工，或者员工明确表示不再返回工作岗位，用人单位应当及时按照公司规章制度中关于严重违反规章制度等理由，与员工解除劳动关系。这一步骤至关重要，可以避免劳动关系一直存续，给用人单位带来不必要的法律风险。
对于员工而言，如果确实需要离职，应当注意以下事项：
提前通知用人单位：根据《劳动合同法》的规定，员工因个人原因主动解除劳动合同时，应当提前三十日（试用期期间提前三日）通知用人单位。这是员工的法定义务，必须履行。
办理离职手续：离职时，员工应当与用人单位办理工作交接、离职证明等手续，确保离职过程的合法性和规范性。
了解经济补偿情况：一般情况下，员工因个人原因主动离职是不能获得经济补偿金的。但是，如果用人单位存在特定违法行为（如未按照劳动合同约定提供劳动保护或条件、未及时足额支付劳动报酬等），员工可以无条件解除劳动合同，并获得经济补偿金。
特殊情况处理：
如果员工无故离职给用人单位造成了损失，用人单位有权要求员工进行赔偿。这包括但不限于因员工离职导致的招聘费用、培训费用、生产损失等。用人单位可以通过法律途径追究员工的赔偿责任。
综上所述，对于事实劳动关系的无故离职问题，用人单位和员工都应当遵循法律程序和规定进行处理。用人单位应当及时采取措施解除劳动关系，避免法律风险；员工则应当提前通知用人单位并办理离职手续，确保离职过程的合法性和规范性。如果双方存在争议或纠纷，可以通过法律途径进行解决。