双方合作没有签订合同的情况下，仍然可以通过其他证据来证明合作关系的存在及双方的权利义务，并可以通过协商、调解、诉讼或仲裁等方式解决纠纷。以下从多个角度进行详细分析：
一、合作关系的证明
实际履行行为：
- 双方虽然没有签订书面合同，但如果已经按照口头约定或实际交易习惯履行了合作义务，如一方提供了货物或服务，另一方接受了并支付了相应款项，这些实际履行行为可以作为证明合作关系存在的有力证据。
其他书面证据：
- 除了合同外，双方之间的往来邮件、短信、微信聊天记录、传真、发票、送货单、收货单等书面材料，也可以作为证明合作关系的证据。这些材料应能够反映双方合作的具体内容、时间、地点、金额等关键信息。
证人证言：
- 如果双方合作过程中有第三方见证或参与，如中间人、合作伙伴的员工等，他们的证言也可以作为证明合作关系的辅助证据。
二、纠纷解决方式
协商：
- 双方可以首先尝试通过友好协商的方式解决纠纷。在协商过程中，可以明确各自的权利义务，寻求双方都能接受的解决方案。协商的优势在于成本低、效率高，且能够维护双方的良好关系。
调解：
- 如果协商无果，双方可以寻求第三方调解机构的帮助。调解机构可以组织双方进行调解，提出调解方案，促使双方达成和解协议。调解的优势在于具有中立性、专业性和灵活性，能够更有效地解决纠纷。
诉讼：
- 如果调解也无果，或者双方不愿意通过调解解决纠纷，那么可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和法律规定，对纠纷进行审理并作出判决。诉讼的优势在于具有强制执行力，一旦判决生效，败诉方必须履行判决义务。但诉讼的成本相对较高，且耗时较长。
- 诉讼准备：在提起诉讼前，应收集并整理好所有能够证明合作关系的证据材料，如实际履行行为的证据、其他书面证据、证人证言等。同时，应明确诉讼请求和事实理由，撰写好起诉状并提交给法院。
仲裁：
- 如果双方在合作过程中有约定仲裁条款，或者事后达成了仲裁协议，那么也可以选择通过仲裁方式解决纠纷。仲裁机构将根据双方提供的证据和仲裁规则，对纠纷进行审理并作出裁决。仲裁的优势在于具有保密性、专业性和高效性，且裁决具有强制执行力。但仲裁的成本也相对较高，且需要双方自愿接受仲裁结果。
三、法律建议
完善证据收集：
- 在没有合同的情况下，应更加注重其他证据的收集和整理。确保所有证据材料真实、合法、有效，并能够形成完整的证据链，以证明合作关系的存在及双方的权利义务。
明确诉讼请求：
- 在提起诉讼或申请仲裁前，应明确自己的诉讼请求和事实理由。这有助于在诉讼或仲裁过程中更有针对性地提供证据和进行辩论，提高胜诉的几率。
寻求专业帮助：
- 如果对法律程序或证据收集等方面存在疑问或不确定，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供专业的法律意见和指导，协助你更好地维护自己的合法权益。
考虑未来合作：
- 在解决当前纠纷的同时，也应考虑未来的合作关系。如果双方仍然有合作意愿和前景，可以在解决纠纷后签订书面合同，明确双方的权利义务和合作方式，以避免类似纠纷的再次发生。