在非法占用农用地的租赁合同纠纷中，若原告主张合同无效而被告反驳合同有效，举证责任的分配主要遵循“谁主张、谁举证”的原则，但具体分配会因案件事实和法律规定的不同而有所差异。以下是对此问题的详细分析：
一、原告主张合同无效的举证责任
证明合同存在：
- 原告首先需要证明双方之间存在租赁合同关系，这通常通过提供合同文本、双方沟通记录、付款凭证等证据来实现。
证明农用地被非法占用：
- 原告需证明被告在租赁过程中非法占用了农用地，这可能涉及提供土地使用证、规划许可证、环保审批文件等，以证明土地的使用性质及被告的使用行为是否合法。
- 若被告未经批准擅自改变土地用途，或超出批准范围使用土地，原告可提供相关行政处罚决定、政府公告等证据来支持其主张。
证明合同无效的法律依据：
- 原告需依据相关法律法规，如《土地管理法》、《农村土地承包法》等，证明因非法占用农用地而导致的合同无效情形。例如，若合同违反了法律、行政法规的强制性规定，或损害了社会公共利益，则合同可能被认定为无效。
二、被告反驳合同有效的举证责任
证明合同合法有效：
- 被告需提供证据证明租赁合同是双方真实意思表示，且内容合法，不违反法律、行政法规的强制性规定。
- 被告可提供合同文本、双方签字盖章的确认文件、合同履行过程中的相关证据（如付款记录、土地使用记录等）来支持其主张。
证明农用地使用合法：
- 若原告主张被告非法占用农用地，被告则需提供证据证明其对农用地的使用是合法的，如提供土地使用证、规划许可证、环保审批文件等，以证明其使用行为符合相关规定。
- 被告还可提供政府部门的批准文件、相关税费缴纳凭证等，以证明其使用农用地的合法性。
反驳原告主张的法律依据：
- 被告需针对原告提出的合同无效的法律依据进行反驳，提供相反的法律解释或案例支持，以证明合同并非无效。
三、特殊情况下的举证责任转移
- 在某些特殊情况下，如原告提供了初步证据证明合同可能无效，而被告无法提供相反证据或其提供的证据不足以证明合同有效时，举证责任可能会部分或全部转移给被告。这通常发生在原告能够证明被告存在明显违法行为或合同存在重大瑕疵的情况下。
四、法律建议
- 对于原告：在提起诉讼前，应充分收集证据，确保能够证明合同存在、农用地被非法占用以及合同无效的法律依据。在诉讼过程中，应积极配合法院的调查取证工作，及时提供所需证据。
- 对于被告：在接到诉讼通知后，应尽快组织证据，证明合同的合法性和农用地使用的合法性。若认为原告的主张不成立，应积极提供相反证据进行反驳。
- 双方均应注意：在诉讼过程中，应遵守法庭纪律，尊重法官和对方当事人的权利。对于涉及专业问题的证据，可考虑聘请专业机构进行鉴定或评估，以增强证据的说服力。
若您在此类合同纠纷中遇到具体问题，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。