劳动合同中约定加班工资基数按最低工资标准支付，这一做法是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同中的约定符合法律法规及地方性规定：

   • 在某些地区，地方性法规或规章可能明确规定了加班工资基数的计算方式，且允许或默认以最低工资标准作为加班工资的计算基数。若劳动合同中的约定与这些地方性规定相吻合，那么该约定是合法的。但这种情况较为特殊，且需具体查看当地的相关规定。

2. 若劳动合同中的约定违反法律法规的强制性规定：

   • 根据《劳动法》及相关规定，加班工资的计算基数通常应为劳动者正常工作时间下的工资标准，而非最低工资标准。最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位应支付的最低劳动报酬。它并不等同于加班工资的计算基数。
   • 如果劳动合同中约定的加班工资基数明显低于劳动者正常工作时间的工资标准，且没有合理的解释或依据，那么这种约定很可能被视为违法。因为这样的约定实际上剥夺了劳动者应得的加班报酬，损害了劳动者的合法权益。

法律建议：

• 对于劳动者而言，如果发现劳动合同中约定的加班工资基数不合理或违法，应及时与用人单位进行沟通协商，要求修改合同条款或按照法律法规的规定支付加班工资。
• 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能的法律后果：

• 如果用人单位被认定存在违法约定加班工资基数的行为，可能需要承担补发加班工资、支付经济补偿金等法律责任。同时，还可能面临劳动监察部门的处罚和声誉损失。

举例说明： 假设某劳动者的正常工作时间工资为每月5000元，但劳动合同中约定的加班工资基数为当地最低工资标准2000元。在这种情况下，如果劳动者加班，用人单位按照2000元作为基数计算加班工资，显然是不合理的。因为劳动者正常工作时间的工资远高于这个标准，按照法律法规的规定，加班工资的计算基数应更接近或等于劳动者的正常工作时间工资。

综上所述，劳动合同中约定加班工资基数按最低工资标准支付是否合法，需根据具体情况和当地法律法规来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。