在法定代表人职务侵占案件中，若无法查清侵占的是母公司还是控股子公司的财产，定罪问题需结合具体证据和法律规定综合判断，以下分情况讨论：
若证据显示侵占行为主要针对母公司财产
根据《刑法》第二百七十一条，职务侵占罪的构成要件包括：
- 主体为“公司、企业或其他单位的工作人员”（法定代表人属于该范畴）；
- 行为表现为“利用职务便利，将本单位财物非法占为己有”；
- 数额达到“较大”（6万元以上）或“巨大”（100万元以上）标准。
若证据明确指向母公司财产被侵占，例如资金流向、合同履行对象等均与母公司直接相关，则应直接以母公司为受害单位，按职务侵占罪定罪处罚。
若证据显示侵占行为主要针对子公司财产
若法定代表人通过控制子公司实施侵占（如虚构交易、截留子公司收入等），且子公司具有独立法人资格，则子公司是独立受害单位。
此时仍构成职务侵占罪，但需注意：
- 若法定代表人同时是子公司实际控制人，可能涉及“利用影响力受贿罪”或“非国家工作人员受贿罪”的竞合，需根据具体手段选择重罪处罚；
- 若侵占行为同时损害母公司对子公司的股权权益（如通过关联交易掏空子公司），母公司可作为间接受害方主张民事赔偿，但刑事定罪仍以直接侵占子公司财产为准。
若证据无法区分母公司与子公司财产
这是实务中的难点，需结合以下原则处理：
- “实质影响”原则：若侵占行为导致母公司对子公司的控制权实质受损（如子公司资金被抽逃导致无法经营），可能认定为对母公司财产权的侵害；
- “推定归属”原则：若法定代表人同时管理母公司与子公司，且无明确财务隔离制度，可推定其利用职务便利侵占的是“本单位”（即其实际控制的关联公司整体）财产，仍构成职务侵占罪；
- “证据优势”原则：若现有证据仅能证明部分财产归属（如部分资金流向母公司账户、部分流向子公司账户），则按已查清部分定罪，未查清部分可要求公安机关补充侦查或由检察院作出存疑不起诉决定。
法律建议：
- 立即固定证据：包括财务流水、合同、会议纪要等，明确资金或财产流向；
- 申请司法审计：通过专业机构梳理母公司与子公司的财务关系，确定实际损失主体；
- 区分刑事与民事责任：即使刑事上无法查清财产归属，母公司或子公司仍可单独提起民事诉讼，要求法定代表人赔偿损失；
- 关注“单位犯罪”可能性：若侵占行为涉及母公司与子公司共同利益（如通过虚假交易转移利润），可能构成单位犯罪，需追究直接责任人员刑事责任。
风险提示：
职务侵占罪的定罪关键在于“本单位财物”的认定。若母公司与子公司财务混同（如“一套人马、两块牌子”），可能被认定为“实际一家单位”，此时侵占行为无需区分母子公司；但若子公司独立运营且财务清晰，则需严格区分受害主体，否则可能因证据不足导致定罪失败。
如有进一步证据或案情细节，可向我补充说明，我会结合具体情形提供更精准的分析。