结论：研发费加计扣除中，多岗位兼职研发人员的工时是否算作加班时间，需根据具体工时分配、劳动合同约定及公司加班制度综合判断，并非所有兼职研发工时都自动视为加班。以下从不同角度详细分析：
一、从研发费加计扣除政策角度
根据现行研发费加计扣除政策（如《财政部 国家税务总局 科技部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》等），企业享受加计扣除的研发费用需满足“专门用于研发活动”且“合理归集”的要求。对于多岗位兼职研发人员，其工时需按实际参与研发活动的时间进行合理分配和归集。若兼职研发人员的工时被明确记录为研发活动时间，且符合政策规定的“专门性”和“合理性”要求，则这部分工时可用于研发费加计扣除的计算，但并不直接等同于加班时间。
二、从劳动合同与加班制度角度
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确约定了兼职研发人员的工作时间、工作内容及加班补偿机制，则需按合同约定执行。若合同未明确约定兼职研发工时为加班，且公司加班制度也未将此类工时纳入加班范畴，则一般不视为加班。
- 反之，若合同或制度中明确规定了兼职研发工时的加班性质及补偿标准，则需按约定支付加班费。
公司加班制度：
- 公司应建立明确的加班制度，规定哪些情况下属于加班、加班的审批流程及加班补偿方式。对于多岗位兼职研发人员，若其工时符合公司加班制度中规定的加班情形（如超出正常工作时间、未经批准不得擅自离岗等），则应视为加班。
- 若公司加班制度未将兼职研发工时纳入加班范畴，或兼职研发人员未按照制度要求履行加班审批手续，则可能不被认定为加班。
三、从实际工时分配与记录角度
工时记录：
- 企业应建立完善的工时记录制度，准确记录兼职研发人员参与研发活动的时间、地点及工作内容。若工时记录显示兼职研发人员确实在超出正常工作时间的情况下参与了研发活动，且这部分时间未被计入正常工作时间或已获得相应补偿（如调休），则可能构成加班。
- 若工时记录不清晰或存在争议，则可能影响对加班时间的认定。
工时分配：
- 对于多岗位兼职研发人员，其工时需按实际参与研发活动的时间进行合理分配。若兼职研发人员同时承担其他非研发工作任务，则需将其工时在研发活动与非研发活动之间进行合理划分。只有实际用于研发活动的工时才可能被视为加班时间（若符合加班条件）。
四、建议与风险提示
建议：
- 企业应完善劳动合同和加班制度，明确兼职研发人员的工作时间、工作内容及加班补偿机制。
- 建立完善的工时记录制度，确保兼职研发人员的工时能够准确、清晰地记录和分配。
- 在享受研发费加计扣除政策时，严格按照政策要求归集和分配研发费用，避免将非研发活动时间纳入加计扣除范围。
风险提示：
- 若企业未按照劳动合同和加班制度支付兼职研发人员的加班费，可能面临劳动纠纷和法律责任。
- 若企业在研发费加计扣除中虚报、多报研发费用或不合理归集工时，可能面临税务机关的处罚和调整。
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