结论：农村养殖合作社屠宰后仅供股东及员工食用，这一行为是否违法，需结合具体情况判断，但一般而言，若未涉及对外销售且符合相关卫生和检疫要求，通常不构成违法；然而，若存在未经许可屠宰、不符合卫生标准或逃避检疫等情形，则可能违法。
分析：
屠宰许可与检疫要求：
- 根据《生猪屠宰管理条例》等相关法律法规，屠宰动物通常需要获得相应的屠宰许可，并确保屠宰过程符合卫生和检疫要求。这是为了保障食品安全，防止疾病传播。
- 若农村养殖合作社未获得屠宰许可，或者屠宰过程不符合卫生和检疫标准，即使仅供股东及员工食用，也可能构成违法。因为未经检疫的肉类产品可能携带病菌或寄生虫，对食用者的健康构成威胁。
销售与自用的区别：
- 如果养殖合作社屠宰的动物仅供股东及员工自用，并未对外销售，那么从销售的角度来看，可能不涉及市场监管方面的违法问题。
- 然而，即使不销售，屠宰行为本身仍需遵守相关法律法规，特别是关于屠宰许可和卫生检疫的规定。
潜在的法律后果：
- 若养殖合作社未经许可屠宰动物，或者屠宰过程不符合卫生和检疫要求，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令停业整顿等。
- 在严重情况下，如因屠宰行为导致食品安全事故，还可能涉及刑事责任，如生产、销售不符合安全标准的食品罪等。
建议：
- 农村养殖合作社在屠宰动物前，应确保获得相应的屠宰许可，并了解并遵守相关卫生和检疫要求。
- 若仅供股东及员工自用，也应确保屠宰过程的安全和卫生，避免对食用者的健康造成威胁。
- 如有任何疑问或不确定之处，建议咨询当地农业部门或市场监管部门，以获取更具体的指导和建议。
进一步思考：
- 养殖合作社在运营过程中，应密切关注相关法律法规的更新和变化，确保自身行为的合法性。
- 除了屠宰许可和卫生检疫要求外，养殖合作社还应关注其他可能涉及的法律法规，如环境保护法、动物防疫法等，以全面保障自身运营的合法性和可持续性。
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