一般情况下，员工自离后公司不会因此对直接领导进行罚款，但具体是否罚款需结合公司规章制度、劳动合同以及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从法律层面看
   我国《劳动法》《劳动合同法》等法律法规并未规定员工自动离职（自离）时，公司有权对直接领导进行罚款。罚款属于行政处罚范畴，只有具备行政处罚权的行政机关（如市场监管部门、税务机关等）才能依法实施，企业并不具备这一权力。因此，若公司仅以“员工自离”为由直接对领导罚款，缺乏法律依据，可能构成违法。

2. 从公司规章制度看
   部分公司可能在内部规章制度中规定“员工自离导致损失的，相关责任人（如直接领导）需承担部分赔偿责任”。但这类规定需满足两个条件才可能被认定有效：

   • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）；
     
   • 规章制度内容需合法合理（如罚款比例不超过实际损失的合理范围）。
     若公司规章制度未履行民主程序，或罚款金额明显超出合理范围（如要求领导承担全部损失），则该规定可能无效，领导有权拒绝执行。

3. 从实际管理角度看
   员工自离可能给公司带来损失（如未交接工作导致业务停滞、招聘成本增加等），但公司通常不会直接将责任转嫁给领导，而是通过以下方式处理：

   • 要求员工承担违约责任（如赔偿未提前通知的损失）；
     
   • 通过内部管理流程（如绩效考核、岗位调整）对领导进行间接问责，而非直接罚款；
     
   • 若领导存在管理过失（如未及时关注员工动态、未履行离职交接监督义务），公司可能依据规章制度对其扣减奖金或绩效，但需与“员工自离”本身区分开。

建议：

• 若您是员工，担心自离后领导被牵连，可提前与公司协商离职流程，尽量完成工作交接，减少对团队的影响；
  
• 若您是领导，被公司以“员工自离”为由罚款，可要求公司出示合法有效的规章制度依据，或通过劳动仲裁维护权益；
  
• 若公司规章制度存在违法内容（如随意罚款），可向当地劳动监察部门投诉。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。