结论前置：
- 车主扣工资当维修费的行为可能违法：驾驶员与车主之间若存在劳动关系，车主擅自扣除工资作为维修费，违反了《工资支付暂行规定》等相关法律法规。
- 驾驶员可依法维权：驾驶员有权要求车主按照劳动合同或相关约定支付全额工资，并可通过协商、投诉或诉讼等方式维护自身权益。
详细分析：
一、车主扣工资当维修费的行为性质
劳动关系下的工资支付：
- 若驾驶员与车主之间存在劳动关系（如雇佣关系、劳动合同关系），则车主作为用人单位，有义务按照劳动合同或相关法律规定，按时足额支付驾驶员的工资。
- 车主擅自扣除工资作为维修费，属于未按照约定支付工资的行为，违反了《工资支付暂行规定》等法律法规。
非劳动关系下的责任承担：
- 若驾驶员与车主之间不存在劳动关系，而是承揽关系、运输合同关系等，则双方的责任承担应依据合同约定或相关法律规定。
- 即使在这种情况下，车主也无权擅自扣除驾驶员的报酬作为维修费，除非合同中有明确约定且该约定不违反法律法规的强制性规定。
二、驾驶员的维权途径
协商解决：
- 驾驶员可以与车主进行协商，要求车主按照约定支付全额工资，并就维修费用承担问题达成新的协议。
投诉举报：
- 若协商无果，驾驶员可以向当地劳动监察部门投诉举报，要求劳动监察部门介入调查并处理车主的违法行为。
诉讼维权：
- 驾驶员还可以向人民法院提起诉讼，要求车主支付拖欠的工资及可能产生的经济补偿金等。
- 在诉讼过程中，驾驶员需要提供相关证据证明车主擅自扣除工资的事实及自己的损失情况。
三、注意事项
保留证据：
- 驾驶员应保留好与车主之间的劳动合同、工资支付记录、维修费用单据等相关证据，以便在维权过程中证明自己的主张。
及时维权：
- 驾驶员在发现车主擅自扣除工资后，应及时采取措施维权，避免超过法定时效期间而丧失胜诉权。
四、特殊情况考虑
- 如果驾驶员在驾驶过程中存在故意或重大过失导致车辆侧翻，且合同或法律规定驾驶员需承担部分或全部维修费用，那么车主在扣除工资前应确保已与驾驶员就费用承担问题达成明确协议，并符合相关法律法规的规定。但即便如此，车主也应通过合法途径（如从驾驶员的奖金、津贴中扣除或要求驾驶员另行支付）来追偿维修费用，而非擅自扣除工资。
总结：车主擅自扣除驾驶员的工资作为维修费的行为可能违法，驾驶员有权依法维权。在处理此类纠纷时，建议驾驶员保留好相关证据并及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。