结论：规划条件变更、容积率变更审批文件无效的情况下，合同变更是否有效需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合同变更的效力与审批文件的关系

   • 审批文件无效不影响合同变更本身效力：合同变更的效力主要取决于双方当事人的意思表示是否真实、合法，以及变更内容是否违反法律、行政法规的强制性规定。若规划条件变更、容积率变更的审批文件被认定无效，这并不意味着合同变更本身必然无效。关键在于合同变更时双方是否基于真实意愿，且变更内容不违反其他法律规定。
   • 审批文件无效可能影响合同变更的履行：尽管合同变更本身可能有效，但如果规划条件变更、容积率变更的审批文件无效，可能导致变更后的规划或容积率无法得到实施，进而影响合同变更的履行。这种情况下，合同双方可能需要就变更后的履行问题重新协商或寻求法律救济。

2. 合同变更有效性的具体判断因素

   • 双方意思表示的真实性：合同变更必须基于双方当事人的真实意愿，任何一方不得通过欺诈、胁迫等手段迫使对方同意变更。若变更过程中存在欺诈、胁迫等情形，变更可能被认定无效。
   • 变更内容的合法性：合同变更的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。若变更内容涉及违法事项，如未经批准擅自改变土地用途或容积率，则变更可能被认定无效。
   • 审批文件的效力对合同变更的影响：虽然审批文件无效不直接导致合同变更无效，但如果审批文件是合同变更的前提或基础，且其无效导致变更后的规划或容积率无法实施，则可能影响合同变更的履行和效力。此时，合同双方可能需要根据实际情况协商解决方案或寻求法律途径解决争议。

3. 法律建议

   • 审查合同变更条款：在签订合同变更协议时，应仔细审查变更条款的内容，确保双方意思表示真实、合法，且变更内容不违反法律、行政法规的强制性规定。
   • 关注审批文件的效力：在涉及规划条件变更、容积率变更等需要审批的事项时，应密切关注审批文件的效力。若审批文件被认定无效，应及时与对方协商解决方案，避免因此产生纠纷。
   • 寻求法律救济：若因审批文件无效导致合同变更无法履行或产生争议，应及时寻求法律救济。根据具体情况，可以选择协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份房地产开发合同，约定了项目的规划条件和容积率。后因政府规划调整，双方协商变更了规划条件和容积率，并签订了变更协议。但随后发现，该变更协议所依据的政府审批文件因程序违法被认定无效。此时，虽然审批文件无效，但并不意味着变更协议本身必然无效。如果双方在签订变更协议时意思表示真实、合法，且变更内容不违反其他法律规定，则变更协议仍然有效。然而，由于审批文件无效，变更后的规划条件和容积率可能无法得到实施，双方可能需要就变更后的履行问题重新协商或寻求法律救济。

进一步思考：在处理类似问题时，除了关注合同变更的效力和审批文件的效力外，还应考虑合同变更对双方权利义务的影响、变更后的履行可能性以及可能产生的法律风险等因素。因此，在签订合同变更协议前，建议咨询专业律师的意见，以确保合同变更的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。