公司涉嫌诈骗时，员工工资是否算赃款，主要取决于员工对公司诈骗行为的知情程度及参与情况。以下是对此问题的详细分析：
员工直接参与诈骗的情况
- 如果员工通过虚构事实、隐瞒真相等欺诈方法，骗取了他人应得的工资，且数额较大，那么这种行为就构成了诈骗罪。在此情况下，骗取的工资无疑属于赃款。司法机关会依法对这部分赃款进行追缴，并返还给受损失的单位或个人。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。
员工未参与诈骗的情况
- 如果公司涉嫌诈骗，但员工只是普通员工，没有直接参与诈骗行为，也没有明知而协助或参与其中，那么他们根据工作表现和合同约定获得的工资就属于合法收入，不属于赃款。这部分工资是公司或雇主对员工正常劳动的报酬，受法律保护。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第十六条，行为在客观上虽然造成了损害结果，但是不是出于故意或者过失，而是由于不能抗拒或者不能预见的原因所引起的，不是犯罪。因此，员工在不知情的情况下获得的工资，不构成犯罪所得。
员工知情并协助诈骗的情况
- 如果员工在知情的情况下帮助公司实施诈骗犯罪，或者明知公司或雇主在发放工资时涉及诈骗行为仍然协助或参与其中，那么员工可能被认定为诈骗罪的共犯。在这种情况下，员工所获得的工资也可能因此被视为赃款的一部分，需要依法追缴。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二十五条，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。若员工明知公司从事诈骗活动仍积极参与其中，无论是以何种形式（如提供协助、隐瞒真相等），都构成了诈骗犯罪的共犯。
特殊情况处理：
- 对于某些特殊情况，如员工虽然对公司的诈骗行为有所知晓，但并未直接参与诈骗活动，也未从中获取额外利益，其工资的处理则需根据具体证据和司法机关的判断来决定。这可能涉及对员工在公司中的角色、职责以及实际行为的深入调查和分析。
建议与总结：
- 在处理此类案件时，司法机关会根据具体事实和法律规定进行准确判断，并确保法律的公正实施。因此，如果员工面临此类情况，应积极配合司法机关的调查，提供必要的证据和信息。
- 同时，企业和个人也应加强法律意识，遵守法律法规，避免卷入任何形式的违法犯罪活动中。如果员工发现公司存在诈骗行为，应及时向相关部门举报，以维护自己的合法权益和社会的公平正义。
如有任何进一步的问题或需要法律帮助，请直接向我咨询。