结论：水浇地上建有房屋，但土地证上标注为企业建设用地，是否违法需分情况讨论，主要取决于房屋的建设是否符合土地用途规划、是否经过合法审批以及是否符合相关法律法规的规定。
分析：
土地用途与规划：
- 水浇地通常指的是有水源保证和灌溉设施，在一般年景能正常灌溉，用以种植水稻、小麦、玉米等作物的耕地。而企业建设用地则是指用于工业、商业、仓储等企业活动的土地。
- 如果该水浇地在土地利用总体规划中被确定为企业建设用地，且房屋的建设符合该规划，那么这种建设行为可能是合法的。但需要注意的是，即使土地用途规划为企业建设用地，也需确保房屋建设符合具体的规划条件和要求。
合法审批程序：
- 无论土地用途如何，房屋的建设通常需要经过相关部门的审批，包括但不限于土地使用审批、建设规划审批、施工许可等。
- 如果房屋建设未经合法审批，即使土地用途规划为企业建设用地，也可能构成违法建设。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，土地的使用应符合土地利用总体规划和年度计划，不得擅自改变土地用途。
- 如果房屋建设违反了土地管理法律法规的规定，如未经批准擅自改变土地用途、未取得建设用地规划许可证或建设工程规划许可证等，那么这种建设行为就是违法的。
建议：
- 核实土地用途规划：首先，应核实该水浇地在土地利用总体规划中的用途，确认是否为企业建设用地。
- 检查审批文件：其次，应检查房屋建设是否经过了相关部门的合法审批，包括土地使用审批、建设规划审批等。
- 咨询专业意见：如果对于土地用途规划或审批文件存在疑问，建议咨询当地土地管理部门或规划部门的意见，以获取更准确的信息。
- 采取补救措施：如果房屋建设确实存在违法情况，应根据相关法律法规的规定，及时采取补救措施，如补办审批手续、拆除违法建筑等，以避免可能的法律责任。
后续行动：
- 如果有进一步的疑问或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更专业的法律意见。