在医疗期内协商离职的申请流程，主要涉及到与用人单位的沟通协商以及相关的法律权益保障。以下是一个清晰、详细且具有深度的解答：
一、与用人单位沟通协商
表达离职意愿：
- 首先，您需要明确向用人单位表达您在医疗期内希望离职的意愿。这可以通过书面或口头的方式提出，但为了确保有记录可循，建议采用书面形式，如邮件或信函。
协商离职条件：
- 在表达离职意愿后，与用人单位协商离职的具体条件，包括离职时间、经济补偿等。根据劳动法规定，医疗期内用人单位不得解除劳动合同，但如果您主动提出离职，双方可以协商一致解除劳动合同。
- 在协商过程中，您可以提及您在医疗期内的特殊情况，以及离职后可能面临的困难，争取用人单位的理解和支持，以达成更合理的离职条件。
签订离职协议：
- 一旦双方就离职条件达成一致，应签订书面的离职协议。协议中应明确离职时间、经济补偿金额及支付方式、保密义务、竞业限制等条款，以确保双方的权益得到保障。
二、了解并维护自身法律权益
经济补偿：
- 根据劳动法规定，如果您在医疗期内主动提出离职并与用人单位协商一致解除劳动合同，用人单位应按照您在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向您支付经济补偿。
- 如果用人单位未按照约定支付经济补偿，您有权向劳动监察大队投诉或向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
医疗补助费：
- 一般情况下，医疗期内协商离职无需支付医疗补助费，除非当地有特殊规定。但如果您医疗期满后不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作，用人单位在解除劳动合同时可能需要支付一次性医疗补助费。具体支付条件和金额需结合地方规定确定。
保留相关证据：
- 在协商离职过程中，务必保留好所有与用人单位沟通的记录、离职协议、医疗证明等相关证据。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。
三、后续行动
办理离职手续：
- 按照离职协议的约定，按时办理离职手续，包括工作交接、社保转移等。
关注经济补偿支付情况：
- 离职后，密切关注用人单位是否按照约定支付经济补偿。如未支付，及时采取法律手段维护自身权益。
保持沟通：
- 在离职后的一段时间内，与用人单位保持适当沟通，确保离职后的相关事宜得到妥善处理。
总之，医疗期内协商离职需要您与用人单位进行充分沟通协商，并了解并维护自身的法律权益。在协商过程中，务必保持冷静、理性，以达成双方都能接受的离职条件。