在行政复议中，若被申请人违反罚缴分离原则，复议机关通常会采取以下措施，我将分情况为您详细说明：

1. 确认违法并责令改正
   复议机关首先会审查被申请人是否确实存在违反罚缴分离的行为，例如：是否要求当事人将罚款直接交给执法人员、是否未出具法定票据、是否未将罚款上缴国库等。若确认违法，复议机关会直接在复议决定中明确指出该行为违法，并责令被申请人限期改正，比如重新开具合法票据、将已收罚款上缴国库等。

2. 撤销或变更具体行政行为
   若违反罚缴分离的行为直接影响了行政处罚的合法性（例如，因未依法缴款导致处罚程序不完整），复议机关可能根据《行政复议法》的规定，撤销该行政处罚决定，并要求被申请人重新作出合法处罚；或直接变更处罚内容（如调整罚款金额），但需确保变更后的行为符合法律规定。

3. 对责任人员提出处理建议
   复议机关若发现被申请人违反罚缴分离是因执法人员故意或重大过失导致，可能会向被申请人的上级机关或监察部门提出司法建议，建议对相关责任人员给予行政处分（如警告、记过等），以督促其规范执法。

4. 赔偿当事人损失（如适用）
   若当事人因被申请人违反罚缴分离遭受了实际损失（例如，因罚款未上缴导致后续被追加处罚），复议机关可能根据《国家赔偿法》的规定，建议被申请人对当事人进行赔偿，或在复议决定中明确赔偿义务。

温馨提示：
若您遇到此类情况，建议在申请行政复议时，重点收集以下证据：

• 行政处罚决定书及缴款凭证（如收据、转账记录）；
  
• 执法人员要求直接缴款的录音、聊天记录等；
  
• 其他能证明罚缴分离被违反的材料（如证人证言）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况为您详细分析。